马英九

祖先为中国扶风县马氏，唐武宗会昌年间马植徙至江西永新的溪冈，称为溪冈马氏，元末时溪冈马氏的马成中，投奔明军，转战湖北、湖南，战死。其子马光佑因而在湖南湘潭县湖田定居，是为湖田马氏，后人流转湖南各地[14][2][3]。

祖父马立安，湖南省湘潭县白石镇马家堰潭口村人[15][16]，曾主持团练。1924年马立安当总保镖的弟弟去世后，当地的土匪恶少常来欺负族人，后来为了保护族人安危，全家遂搬至湘江对岸的衡山县定居[17]。因此其父马鹤凌在其一家的身份证的籍贯一栏也一直填写为衡山县[18]。

父亲马鹤凌，湖南省湘潭县人，幼时随家人搬至湘江对岸的衡山定居，中国国民党党员，曾任行政院青年辅导委员会处长、国民党考纪会副主任委员、中华四海同心会的创会人兼主任委员[19][20]。

母亲秦厚修，湖南省宁乡县人，中国国民党员，曾任国防部总政治部统计官、中央银行外汇局科长。舅舅秦灿石，棉花育种专家，中国大陆第七、八、九届全国人大代表。母族秦孝仪，马英九称秦孝仪为娘舅[21]。

大姐马以南，出生于重庆[4]，中国国民党员，移民美国30多年后于2001年返台，曾任中国国民党中央委员、中央评议委员。二姐马乃西，出生于台北市[4]，中国国民党员，长居美国费城。三姐马冰如，生于湖南省长沙市，曾于美国中学任教，1997年后定居北京[4]。小妹马莉君，生于台北市，长居美国旧金山[4]。

未满一岁时的马英九，摄于英属香港九龙荔枝角

1950年7月13日，马英九出生于英属香港九龙油麻地广华医院，是家中五个孩子里唯一的儿子。在家中排行老四[4]，小名弟弟[22]。

1952年随双亲移居台湾。先后毕业于静心幼稚园[23]、台湾省立台北女子师范学校附属小学[24]、台北市立大安初级中学[25]、台湾省立台北建国中学[26]、国立台湾大学法律学系法学组[3]。

小学三年级即开始阅读武侠小说，并且看的是国民党政府颁定的禁书。[27] 就读初中时受到破案电影影响，曾在自传中写说立志要当记者。[28] 14岁的时候差点在金山的海水浴场溺水，自此便开始积极地学习游泳。[29] 念初中时，最爱阅读《幼狮文艺》。[30] 读建国中学时曾踢足球并担任后卫。[31] 在《治国周记》称其个人从大学时代、当兵期间，都有接触到电脑。[32] 在《治国周记》称留美念书期间，尤其是住宿舍时，每个礼拜都吃猪脚。因为在美国超市，猪脚比牛肉便宜。[33] 大学时曾至加州大学柏克莱分校参观，之后便一直想到柏克莱念书，但没申请到柏克莱只好念哈佛。[34]

1968年6月，正式加入中国国民党[23]，旋即出任小组长及区委[35]。同年，参加成功岭大专集训班，分发到二团十五连。在开训典礼中代表一万多位学兵，向主持典礼的中华民国国防部部长蒋经国宣誓[36]。

大学时期的马英九曾参加保钓运动。1972年，日本与中华民国断交，与同学至机场对椎名悦三郎示威，用鸡蛋砸中其座车[37]。同年大学毕业后，于10月8日入伍，分发至海军服预官役，于海军陆战队受三个月基础训练，后任职于海军左营基地海军后勤司令部少尉后勤军官，1974年8月6日以海军补给少尉身分退伍，共一年十个月。

1974年，取得中国国民党中山奖学金赴美国留学。1977年，获得纽约大学法学硕士学位，同年与法学硕士同学周美青结婚。1980年11月，长女马唯中在美国出生。1981年，获得哈佛大学司法学博士学位[3]。

留美时期成立反共爱国联盟，担任美东区理事。并担任《波士顿通信》主编五年，曾以「叶武台」、「王绍陵」、「李南侨」等笔名撰写专论、社论、杂文十余万字，批判中共、台独及海外左派，并搜集台独人士数据，屡次获国民党海外工作会奖励，其撰写的文章常为《中央日报》、《联合报》、《新闻天地》、倾国民党的国内政论刊物及留学生刊物转载，而被马英九检举的台独人士则遭蒋经国政府拒绝入台[38]。

1978年夏，以波士顿通信主编身分回国参加「留学生海外问题研讨会」，并膺选为领队。1981年，在钱复的推荐下，返回台湾担任时任总统蒋经国的英文翻译。1982年，马英九以非公务人员身份担任总统府第一局副局长，同年进入革命实践研究院「革命实践讲习班第24期」受训[38]。1984年，出任国民党中央党部第三副秘书长，负责政党外交工作。1986年通过甲等特考[39]。1988年，出任行政院研考会主委[40]，兼行政院大陆工作会报（陆委会前身）运行秘书。1989年取得律师资格[41]。1990年，任国家统一委员会研究委员。1991年升任陆委会副主委兼发言人，并当选国民党全国不分区国民大会代表[12]。

1990年，因国民党发生后蒋经国时代最大政争（二月政争），分裂成主流派与非主流派，动荡的政局，引发野百合学运，时任总统李登辉应民意的要求召开国是会议，会中提出总统选举的不同版本。马英九属于支持李登辉的国民党主流派，是当年国民党修宪小组的主导人，倾向主张维持总统由国大代表选出（委任选举）。1992年3月，民进党及无党籍国代合组「总统直选联盟」发动419大游行，上万群众走上街头。1993年1月，李登辉赴国大临时会发表国情报告，民进党提出倾听「台湾人民的声音」的国是建言。最后李登辉支持总统直接民选，1994年7月28日，通过修宪改为总统直接民选。[42][43][44][45][46][47]

1998年的马英九，身旁合影的青年是日后成为台湾民众党中央委员的张凯钧

1993年2月27日连战出任行政院院长，马英九受邀出任法务部部长，直到1996年6月9日为止，而后转任行政院政务委员。[48]

1993年，社会上时常发生原住民少女遭诱拐卖淫的童妓问题，引起社会震怒，马英九在出席反童妓路跑时，宣示有很大的决心消除童妓。1995年时通过「儿童及少年性交易防制条例」，此后相关的犯罪率降到原本的1/10以下，终结台湾童妓问题。[49] 1994年将「中央肃清烟毒协调督导会报」改组为「中央反毒会报」，压毒品供应与需求。[50][51][52] 1996年誓言大力查贿。半年内，在全台883位县市议员中起诉341位，里面的国民党议员跑去告状，说马英九「动摇党本」。在党内压力下，6月10日被调任为行政院政务委员[53]。马英九查贿肃贪，最后因此被撤换，李登辉私下斥马用批评党来创建个人声望，「国民党差点被他搞垮」。[54]

转任行政院政务委员之后，1997年连战内阁饱受白晓燕命案等政治风雨，马英九5月8日提出“辞官退隐”声明，辞去政务委员，不参选1998年台北市市长选举。辞官后向国立政治大学提出申请教职，政大法学院为此召开临时院务会议通过受理申请，并将申请截止日期延长到5月底。为此，当时政大法学院陈惠馨和许玉秀两位教授撰文「特权很难反省」，批评其特权问题[55][56][57]，同年8月任政大法律系副教授[58]。

2000年总统选举国民党分裂，李登辉和马英九大力支持连战，而民望较高的宋楚瑜则独立参选。马英九在选前1、2日接连违法公布[注 3]之假民调[注 4]被认为是宋楚瑜以些微之差落败的原因之一。

最后选举结果，国民党连萧配以得票率仅23.1%不到三百万票败选，原本是李派的马英九率先喊出「要李下台」，并对群众高喊：「各位要求李主席下台，我会支持各位的主张，我会去促成！好不好！」，向李登辉逼宫。接着马英九动作频频，上节目逼李辞去党主席，更欲直接前往李登辉家，当面和李对质。[59][60]

参见市议会第9届第8次大会施政报告 （页面存档备份，存于）[61]

整顿消防安全，火灾死亡人数降低、交通事故发生数减少，但机车肇事及死亡人数增加、打击酒后驾车、暴力犯罪件数降低，破获率提升、防范土石流伤亡，大规模搬迁危险山坡地住户。

广设平价健身中心、规划兴建台北小巨蛋、成立体育处、串联台北县市河滨自行车道工程、开辟河滨公园、集成亲山步道、开辟淡水河蓝色公路。

市府因推动「垃圾费随袋征收」政策[62]获得「2001亚洲废弃物管理杰出奖」。两任8年内投入300多亿，将污水下水道接管率从40%，增加至80%左右（根据营建署全国统一算法「用户接管普及率」为41%至83%）[63]。

推动智能公车系统、全球首创小绿人交通号志、2001年华翠大桥通车、2002年环东大道全线通车、2005年信义快速道路通车、2006年复兴北路车行地下道通车。2002年12月20日，拆除百年历史的中山桥并被分解成435块[64]，中山新桥于2006年12月24日通车[65]。中山桥迟迟­没有找到地点重建，被闲置在河滨公园。次任市长郝龙斌，为了花博，在桥身上打­钢钉、涂黏胶，覆盖上一层塑料花草[66]。

配合台北101跨年烟火，2003年特别固定取名为「台北最High新年城」。2005年合并市立医院为市立联合医院[67]。2006年建置Wifly，但效果不彰，郝龙斌于2011年再建置TPE-Free。

黄大洲任内基隆河截弯取直，规划为轻工业园区，陈水扁开放厂商进驻，马英九更名内湖科技园区借由优惠措施引科技业者进驻[67]，完成南港软件产业园区土地征收。

1999年发生921大地震，震央位于南投县境内，2001年发生纳莉风灾。

1998年，马英九参选市长时表示：「选他当市长，台北市绝对不再淹水」[68]。2000年10月31日，象神台风，南港内湖等地的抽水站停摆，导致汐止内湖大淹水，马英九又表示「未来不保证不再淹水」。[68] 2001年9月，纳莉台风来袭前，马英九表示「台北市已做好万全防台准备」，赴屏东为国民党县市长候选人辅选，结果因为玉成抽水站设置于机房外的冷却系统被水淹没而自动停机[69]，造成台北市史无前例的大淹水，夺走三十多条人命、捷运因为淹水而停摆，财产损失保守估计上百亿元，事后马英九认为这是「天灾」，并表示「雨量太大没有办法」。[67][68] 2013年9月，康芮台风造成台北捷运淹水，9月4日马英九在国民党中常会上强调「滞洪池」的重要，举纳莉台风台北市捷运站淹水为例说，因为捷运站淹水，造成地面上淹水高度相对减少，「捷运站等于不知不觉扮演了滞洪池的角色」，引发批评。[70][71][72]

2005年2月，宣布参选党主席，同年7月，以72.36%得票率击败王金平。[73]2007年2月13日，因特别费案遭到起诉，马英九依承诺辞去党主席，[9]副主席吴伯雄代理并当选党主席。2008年马英九就任总统后，2009年参选第6任党主席选举，7月26日当选，10月17日就任。[74]2013年7月，连任党主席。2014年九合一选举，国民党败选后，马英九于12月3日宣布辞去党主席。[75]

2000年主张党员直选党主席，2005年接任党主席，进一步开放党员直选中常委。并推动政党人事精简案。[76]创建国民党青年团，规定在学学生可竞选青年团总团长，从在学青年中遴选出的青年团总团长、从社会青年遴选出的青工会总会长为青年指定中常委，可出席国民党中常会。[77]2010年通过第18届第2任中常委选举端正选风实施要点。[78]2011年开始举办党务干部公开招考，为国民党注入新血。[79]2014年，推动党务改革，在国发院下设青年发展委员会，并将青年团及组发会青年部调整至国发院架构下、文传会增设国际事务部、扩大新媒体部的功能与编制，争取青年选民认同。[80]

竞选2008年总统选举的马英九

2008年1月27日马英九完成登记，以中国国民党候选人身分参选总统[81]。3月22日开票结果，以765万9014票，58.45%的得票率击败民主进步党籍的谢长廷当选第12任总统[82][83]，同年5月20日就职。

马英九与时任副总统萧万长（左）及行政院院长吴敦义（右）

首任院长为刘兆玄，2009年9月7日，刘兆玄宣布负起八八水灾的政治责任，内阁总辞。这是因天灾而总辞的首例，学者认为，总辞才能挽回马政府的支持度。[84]接任院长的吴敦义是马英九任内任期最长的行政院院长，当选副总统后提前交接。

2011年会见日本众议院议员、前内阁总理大臣安倍晋三

2009年5月20日，台湾获邀使用「中华台北」名称列入世界卫生大会观察员，叶金川为中华民国退出联合国的38年来首度代表台湾官员在联合国相关组织发表公开演说。[85][86]6月1日，在萨尔瓦多卸任总统埃利亚斯·安东尼奥·萨卡的国宴上，马英九与时任美国国务卿希拉里·克林顿会面，是台美31年来最高层级的对话。[87][88]

2010年马英九出席在高雄市举行的ECFA研讨会

推动两岸直航，民众往来两岸不必再赴香港中转。[89]扩大两岸金融往来及加强监理合作，[90]放宽「小三通」政策。[91]加强两岸农产品检疫检验、渔船船员劳务、标准计量检验认证之制度化合作。[92]扩大两岸邮政合作，2008年12月15日开放直接通邮、2009年2月26日开放两岸双向邮政汇兑业务、2012年9月17日开办两岸「邮政速递（快捷）」、2013年3月20日开办其海运邮件业务、12月16日开办两岸「邮政e小包」业务。[93]

2008年10月24日起，中国大陆学生来台研究修习的时间由4个月延长为1年，并采总量管制每1学年以1千人为限，2013年起放宽为以2千人为原则。[94]2008年11月3日起，中国大陆人士可以赴金门、马祖、澎湖就读中华民国大学校院开办的推广教育学分班，同时亦放宽国内大学赴中国大陆办理推广教育的学员资格和师资等限制，以顺应企业经营全球化的趋势及高等教育国际化发展。[95]开放中国大陆学生来台就读及中国大陆学历采认，立法院于2010年8月19日三读通过之「陆生三法」（即「两岸条例、大学法、专科学校法」），总统于9月1日公布，行政院并于9月3日核定施行。教育部于2011年1月6日据以订颁「大陆地区人民来台就读专科以上学校办法」、完成修订「大陆地区学历采认办法」，明订开放陆生来台就学及放宽中国大陆学历采认对象等相关措施之法制规范。[96]

2008年放宽县市长赴中国大陆地区交流[97]。2009年8月21日及9月8日发布「大陆地区电影从业人员来台参与国产电视频或本国电视频制作审核处理原则」及「大陆地区主创人员及技术人员来台参与合拍电视戏剧节目审核处理原则」，放宽中国大陆地区大众传播人士来台参与拍摄电视剧及电视频[98]。2010年强化公务员赴陆安全管理[99]。

签署「海峡两岸食品安全协议」[100]、「海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议」[101]、修正两岸条例及相关子法以保障中国大陆配偶权益[102]、签署「海峡两岸知识产权保护合作协议」[103]、「海峡两岸医药卫生合作协议」等协议[104]。

中华民国驻港澳机构更名及功能地位提升，并促成港澳政府来台设立办事机构。[105]台港签署「台湾与香港间航空运输协议」[106]、「银行业监理合作了解备忘录」[107]，台澳签署「台湾与澳门间航空运输协议」。[108]教育部扩大采认澳门地区大学学历，以利国际接轨。[109]

促进两岸观光，致力开放中国大陆观光客来台[110]，并大幅增加参与国际旅展及发行各语言版本之观光手册[111]与文宣。观光客总数由2008年的384万，增加至2012年731万。

进行两岸两会高层会谈，2008年11月4日，江陈会首度在台湾举行。2008年至2011年，海峡交流基金会与海峡两岸关系协会共进行七次江陈会。2010年6月29日，海基会与海协会于重庆签订《海峡两岸经济合作架构协议》，马英九还与时任民进党主席蔡英文进行辩论。同年，项目核定台湾活鱼运搬船可直航中国大陆11个港口，石斑活鱼外销（含中国大陆）的金额，在2007年时为两千多万元，到2014年10月，已达53亿元，成长193倍。[112][113]

1998年世界贸易组织谈判，将米酒列为蒸馏酒类课税，造成米酒价格飙涨。2009年财政部提出修法将蒸馏酒改成按酒精浓度课征。2010年8月，立法院通过《烟酒税法》修法，将料理酒之定义增列「料理米酒」使米酒可按「料理酒」课税，大幅降低米酒价格[114]。此修法引起美国及欧盟关切，质疑此修法独厚台制米酒[115][116][117]。

受全球金融海啸影响，2009年度经济（负）成长率为-1.81%。但2010年的经济成长率转为10.76%，2011年的经济成长率为4.2%，2012年的经济成长率为1.5%。[118]

马英九时期台股指数

马英九至慈湖陵寝向前总统蒋中正致意

完成行政院功能业务与组织调整五大法案，将37个部会精简成29个机关，[119]及推动爱台十二建设。[120]

2009年10月FATF将中华民国在「反洗钱尚有缺失考量名单」中除名。[121]同年颁布人权两公约《公民与政治权利国际公约》及《经济社会文化权利国际公约》施行法。[122]监委李复甸指出，法务部已将两公约国内法化，近年法务部年年大批运行死刑，已明显违反「两公约」条文，而台湾废除死刑推动联盟、民间司法改革基金会等人权团体也批评马政府违反两公约签署内容。[123]

为促进国土合理规划及区域均衡发展，2009年7月2日通过台北县、台中县（市）、台南县（市）及高雄市县单独或合并改制直辖市，并于2010年12月25日如期完成新北市、台中市、台南市及高雄市改制成立作业。[124]对此政策，亦有批评指出台湾地区生活圈过度向「六都」集中发展，致一般县市被边缘化之危机[125]，六都体制让城乡发展不均更加严重化[126]。

行政院从2010年开始运行「加强取缔伪劣假药及非法广播电台」，清除非法电台及违规广告、净化视听环境，非法广播电台在2010年时有190家，目前已无非法广播电台播音情事。[127]

2011年，完成二代健保修法，维系健保制度运作[128]。研究指出，二代健保上路后，「健保费水平公平」反而比一代健保恶化15%。卫福部2014年10月3日公布《二代健保体检报告》，提出「补充保费年度结算」方案，引来医改会批评，认为卫福部不思根本解决健保课费不公的沉疴。[129]

修正「遗产与赠与税法」，从2009年开始，将遗赠税率由最高50%降为10%单一税率，吸引资金回流投资。[130]对民众减税，修正「所得税法」将综所税税率「21%、13%、6%」3个级距税率分别调降为「20%、12%、5%」，并自2010年施行，使380万户之综所税纳税义务人普遍受益。[131]同年，配合「产业创新条例」之制定，修正「所得税法」将营利事业所得税税率由25%调降为17%。[132]2011年开征特销税，打击房地产投机交易，自6月1日起施行，依财政部数据，对抑制房价和交易量确有成效，截至2013年1月31日止，征起税收新台币67亿2,282万余元，全数用于社会福利支出。[133]不过，朝野皆有立委认为特销税无助抑制房价，却打击房市交易。国民党立委蔡正元表示，特销税副作用反而大于帮助。民进党立委许添财说，特销税无助改变房市投机行为，反而有助长房市隐藏性交易的风险。[134] 自2012年1月1日，取消现役军人薪饷及国民中、小学、私立初级中、小学、托儿所及幼稚园教职员薪资所得免纳所得税规定。[135]

修正「社会救助法」。[136]2008年8月推动「马上关怀项目」。[137]10月1日开办国民年金保险，让370万未参加社会保险者也受到社会保险保障。[138]2009年1月1日实施劳保年金制度，让991万劳工享有老年、失能及遗属年金保障，中华民国正式迈入全民社会保险国家。[139]同年推动「青年安心成家方案」。[140]3月起办理劳工诉讼扶助项目。[141]自5月1日起发放育婴留职停薪津贴。[142][143]11月开办微型保险，增进对经济弱势者之基本保险保障。[144]2010年起，私立高中学生学费比照公立学校收费，高职学生则免收学费，2013年受益人次达88万人次。[145]2011年全面实施5岁幼儿免学费入学，[146][147]并开始发放「父母未就业家庭育儿津贴」，减轻民众育儿负担。[148]及推动「新住民火炬计划」，帮助外籍配偶及其子女。[149]

2008年开始推动青年政策大联盟，作为青年公共参与的管道。[150]

2008年成立中央廉政委员会，成员由部会首长及学者、社会公正人士组成。[151]2009年4月22日增订「贪污罪被告不说明财产来源罪」[152]，然立法当时有些折冲，新法实施以来未能显现成效，民意对此迭有批评[153]。2011年增订「不违背职务行为行贿罪」[154]，同年成立廉政署。[155]此外，「公务员廉政伦理规范」自2008年8月起实施至2014年10月止，经统计「受赠财物」计23万6,278件、「饮宴应酬」计7万4,756件、「请托关说」计11万3,330件。[156]

2009年开始堆动精致农业健康卓越方案，创造约6万个就业机会，累计投资金额达113亿元。[157]2010年推动「小地主大佃农」政策，帮助18至55岁且具农业专业知识者承租农地耕作，促进农业年轻化与专业化。[158]同年公布「农村再生条例」，至2014年12月份累计辅导497个社区完成研提农村再生计划。[159]2011年开办农民学院，培养年轻农民，并提供农民精进农业技术的学习平台。[160]2013年开始，将公粮稻谷收购价格从每公斤2元调升为每公斤3元，提高农民收入。[161]

ECFA签订后，两岸农业贸易逐渐从逆差转为顺差，提高农民收益，在两岸洽签ECFA前一年（2009年），台湾对大陆农产品出口值为3.6亿美元、进口值为5.5亿美元，贸易逆差为1.9亿美元，而2013年台湾对大陆出口值增加为9.2亿美元、进口值为9.0亿美元，贸易由逆差转为顺差0.2亿美元。[162]

2010年，颁布《客家基本法》。[163]

2010年开始推动四大新兴智能型产业，[164]以及推动六大新兴产业[165]、十大重点服务业等政策。[166]同年2月3日完成「文化创意产业发展法」立法，并于12月底完成「文化创意产业内容及范围」等11项子法，对文创事业之创业育成、信息运用、市场拓展、合作交流等均订有协助措施。[167]5月12日公布施行之「产业创新条例」，是接续促进产业升级条例落日的重大经济法案，攸关中华民国未来整体产业经济发展。[168]2012年3月1日施行「运动产业发展条例」。[169]

马英九参加在新北市板桥区举行的造势晚会

2011年4月27日，国民党提名马英九竞选连任，11月21日，登记参选总统，2012年1月14日，以689万1139票，51.60%的得票率成功连任第十三任总统，击败民进党的蔡英文及亲民党的宋楚瑜，[11]5月20日，宣誓就职。

马英九与任内最后一位行政院院长张善政（左）

接任吴敦义就任院长的为陈冲，2013年1月30日，马英九推出年金改革方案，引起各方反弹，1月31日深夜，总统府宣布改组内阁，陈冲请辞阁揆，[170]由江宜桦接任院长。2014年11月29日，九合一选举国民党败选，江宜桦于开票当晚请辞获准，[171]由毛治国接任。[172]2016年1月16日，总统及立委选举国民党败选，毛治国于开票当晚请辞，并于18日内阁总辞，期间请辞未获准，直至25日马英九获准请辞。自内阁总辞日起至新国会就职前，由副院长张善政代理阁揆。[173]

2012年于国庆日发表演说

2008年爆发全球金融海啸，中华民国实质平均薪资由2008年之45,038元遽降至2009年的43,193元低点，迄2011年回升至45,508元后即持续停滞。2014年全年实质平均薪资为45,494元，仍不及1998年，等于实质薪资倒退16年。[174]惟2014全年平均薪资达47,300元（年增3.58%）、经常性薪资平均为38,208元（年增1.81%），皆为历年最高。[175]2015年第一季，实质平均薪资59,078元，为历年同期最高，年增5.74%。[176]

2013年7月失业率则上升至4.25％，为亚洲四小龙最高、甚至高于日本，20至24岁失业率飙至14.05%[177]。2014年8月失业率降至4.08%，为14年来同期最低纪录[178]，12月失业率降至3.79%，全年平均3.96%[179]，2015年第一季失业率以3.71%再创近14年同期最低。[180]

2014前三季台湾经济成长3.6％，为亚洲四小龙之首。[181]2014全年成长率为3.74%[182]，优于韩国（3.3%）、 新加坡（2.8%）、香港（2.3%）[183]，16年来首次在四小龙中夺得第一。[184] 2015年第一季经济成长率3.46%，比原先预期的3.5%稍有下滑，不过仍优于南韩（2.4%）和新加坡（2.1%）表现。[185]

2013年12月底，外汇存底4,168.1亿美元，外汇存底创历史新高，居世界第4位。

2014年1月8日，美国商业环境风险评估公司（BERI）公布2013年第三次「投资环境风险评估报告」，台湾投资环境全球第三、亚洲第二名，与上次调查相同；但「政治风险指针」倒退二名，排名第十，退步主因与服贸争议，凸显社会无法达成共识，以及马政府民意支持度急速下滑有关。[186]同年世界经济论坛的全球竞争力报告，台湾从2013年的第12名掉到2014年的第14名。台湾在国家竞争力下滑的原因为政府运行效率不佳、社会的凝聚力不足，企业研发创新投入及相关配套的不足。[187]

2013年全年外销订单金额4,429.3亿美元，为历史单月新高[188]。2015年7月外销订单，接单金额只约363亿美元，年减5%，年增率已「连四黑」[189]。8月外销订单金额为350.3亿美元，年减8.3%，创接单连5个月衰退纪录[190]。

2014年工业生产指数106.56及制造业生产指数106.67均为历年新高[191]。2015年7月份工业生产指数109.16，年减2.99%，已是连3黑[192]，以及工业生产、商业营业额，双双维持年减，同月份商业营业额为1兆1,892亿元，是连续第5个月年增率为负值，创下金融海啸以来最长时间跌幅[193]。同年的商业营业额达14兆5,376亿元，则是历年新高[194]。

5次调高基本工资与时薪，2015年7月起，每月基本工资20,008元；最低时薪120元。[195][196]

2008年至2013年，观光客数目成长108%[111]。2009年观光客突破400万人次，2014年来台观光旅客人数突破990万，成长190万人次，创下历史新高。[197]依世界旅游组织发布之全球观光预测，2014年1－10月份全球观光成长率为4.8%，亚太地区成长率为6.8%，台湾1－10月份成长率达24.68%，高于全球及亚太，在2013年全球前50大旅游目的地中，居全球第二，表现亮眼。[198]2008年来台旅客创造的外汇收入为新台币1,871亿元，2013年达到新台币3,668亿元[199]，2014年达到4370亿元[200]。

马政府上台后，致力开放中国大陆观光客来台，根据立法院预算中心报告，陆客从2008年的9万多人，到2013年已成长到226万人，成长超过25倍，陆客比率从2008年的5%，增加到2014年的48%；2008年日本观光客还有38%，是最常来台湾的国家，2014年剩16%，陆客比率日益增加，有失均衡。陆客人数过多的问题，包括交通部观光局与内政部移民署的编制员额，都因此增加，所需预算也从2007年的13.7亿元增加到15.8亿元。但立法院预算中心同时呼吁政府针对陆客增加而受影响的观光品质、观光效益未实际挹注中华民国业者及治安潜在风险的考量研拟改善。[201]自2008年开放陆客以来，陆客旅游人数已经超过一千万人次[202]。2011年6月开放陆客来台自由行至2014年11月底，已经有181万多人次的陆客来台。2008年起至2014年，日本观光客成长1.5倍、东南亚观光客成长1.9倍、港澳观光客成长2.2倍、韩国观光客成长2倍[203]。在马英九上任前，台湾自行车道一共有720公里，到2014年8月已经有4,106公里，成长5.7倍，马英九表示，预计2015年底台湾将有环岛自行车道诞生。[204]

2015年接见美国前副总统丹·奎尔

上任以来只和冈比亚1邦交国断交，建交国挂零，邦交国维持22个。[205]

2012年11月1日，台湾成为第37个赴美免签的国家[206][207]。马英九任期内，给台湾免签证、落地签证、或电子签证的国家或地区从上任前54个成长到140个[208][209]，2015年5月4日，外交部宣布，护照免签证国添加菲律宾、缅甸两国，可享免（落地）签及签证便利待遇的国家及地区增至142个[210]。8月，又增加印度、伊朗等6国给予中华民国国民免签证或落地签证待遇，免签及落地签总数增至148个国家或地区[211]。2016年3月，给予免签、落地签国家增至164个。[12]

2013年3月11、12日，恢复中断五年的「台美贸易暨投资架构协定」会议。[212]4月10日，与日本签订台日渔业协议，扩大台湾渔民安全捕鱼范围。此签署协议被舆论认为是日本向台湾释放善意。5月9日，发生广大兴28号事件，菲律宾公务船枪杀台湾渔民洪石城，经马政府施以经济制裁、派出海军军事威吓之后，菲律宾总统派出特使至被害者家属家中道歉、赔偿、两国联合调查、拘禁嫌犯、在菲律宾以杀人罪提起公诉。[213][214][215][216]9月11日，台湾获邀使用「中华台北」名义以理事会主席「特邀贵宾」身份出席第38届国际民用航空组织大会，为中华民国退出联合国42年来的首例。[217]10月9日及16日，台英司法互助针对在中华民国触犯酒驾过失致死、判罪确定之英籍人士林克颖引渡回台服刑签署「关于林克颖引渡了解备忘录」，是中华民国首度与欧盟国家政府进行引渡协议。[218]2014年6月13日英法院在林克颖一审的判决书中提及「中华民国（台湾）」。[219]

2014年4月14日，美国国家环境保护局局长吉娜·麦卡锡来访，为美国政府阁员14年来首次来台访问。[220][221]2015年2月13日，卫福部国民健康署署长邱淑媞首度以官方身分在世界公共卫生大会专题演讲，大会11日开幕式投影播放所有与会国国旗片段，包括中华民国。[222]4月10日，睽违10几年，台湾再度被选为亚非农村发展组织（AARDO）的第18届执委国，未来可名正言顺接触各会员国、拓展外交，还有助台湾农业技术、生物资材产业外销；该组织也是台湾唯一以「中华民国」名义加入的农业国际组织。[223]5月26日，马英九出席「2015年世界国际法学会与美国国际法学会亚太研究论坛」开幕典礼，在致词时提出「南海和平倡议」，要让南海与东海一样成为和平与合作之海，期望解决各海域资源、主权问题。[224]马英九指出，无论就历史、地理及国际法而言，南沙群岛、西沙群岛、中沙群岛、东沙群岛及其周遭海域系属中华民国固有领土及海域，中华民国享有国际法上的权利，不容置疑，此一坚定立场，从未改变。基本上，中华民国希望扮演一个负责任的利害关系者及区域和平缔造者的角色；强调「主权无法分割，资源可以共享」，「以资源共享取代主权争议」；主张「搁置争议，共同开发」，而且是「全面规划，分区开发」；也呼吁「自由航行、飞越自由」的原则一定要在南海被尊重、必须保护。[225]随后获得美国国务院及印尼学者的赞赏肯定。[226][227]

2015年5月26日，美国华盛顿哥伦比亚特区举行一年一度的亡兵纪念日游行。因二次大战胜利70周年而扩大举办，当年的空战英雄、前空军副总司令陈鸿铨乘着花车出场接受大家致敬。司仪以「中华民国，台湾」介绍这支队伍，称「中华民国是二战时的同盟国」。司仪也以「大使」介绍贵宾席上的中华民国驻美代表沈吕巡、李秋萍夫妇。沈吕巡则向一旁介绍陈鸿铨当年的英勇事迹，在美国广播公司的访谈中，沈吕巡说，希望能借着这类活动让更多人了解历史真相与原貌，「中华民国才是二战时中国的代表，是美国的同盟国」。[228]5月27日，英国在台湾的代表机构「英国贸易文化办事处」，宣布更名为「英国在台办事处」。英国驻台代表胡克定发表更名声明指出，此次更名纯粹是一次品牌化的动作「我们是英国政府在台湾的正式机关」；外交部则表示，此举反映英国驻台机构工作的实质内涵，是台英双边实质关系的正面发展。[229]6月1日，美国国务院经济暨商业事务局助理国务卿查尔斯·芮福金访台，双方就台美、两岸关系、TPP等多项议题交换意见；芮福金则说，台美拥有共同利益，台湾是美国重要盟友，希望能够继续深化双方关系。[230]9月3日，沈吕巡在中华民国与美国断交36年后首度受邀出席由美国政府合办的二战胜利纪念活动，并在「盟军对日作战胜利70周年纪念」活动上致献有中华民国国徽的花圈，使中华人民共和国驻美大使崔天凯为此愤而缺席。[231][232][233][234]

11月10日，美国国会参众两院通过2016年国防授权法案，美国应依据台湾关系法继续对台军售、支持台湾集成潜舰等创新与非对称作战能力、建议台湾军方应参加在阿拉斯加州及内华达州空军基地举行的红旗演习等双边训练活动，五角大厦同时应推动双方现役部队军官与将官交流。[235]11月18日，前副总统萧万长第三度代表总统马英九以领袖代表身分出席APEC峰会，在领袖国宴上与中共中央总书记习近平交谈长达5分钟以上，随后美国总统贝拉克·奥巴马也加入对话，促成美中台三方领袖代表首度公开对话[236]，萧当面向两人表达台湾想要加入跨太平洋伙伴关系协议的意愿[237][238][239]，白宫的Medium官方帐号介绍美国总统欧巴马日前结束的欧亚行，文章以亚太经合会时的「萧欧习会」为主照，称呼萧为台湾前副总统萧万长（former Vice President Vincent Siew of Taiwan）。[240]11月22日，欧巴马出席美国与东南亚国家联盟及东亚峰会，在马来西亚吉隆坡的记者会上谈及国际反恐时说，反伊斯兰国联盟在亚太地区包括澳洲、加拿大、日本、马来西亚、新西兰、新加坡、南韩及台湾。[241][242]23日，全球65个对抗伊斯兰国同盟的成员国齐聚美国国务院讨论反恐行动，台湾是由驻美副代表层级以上的官员与会。[243][244]25日「伊斯兰国」发布最新视频《没有停歇》（No Respite），列出60个反伊斯兰国全球盟军的国旗，其中也包括台湾，而且摆在美国国旗旁边。[245][246]

2016年1月12日，欧巴马进行任内最后一次发表国情咨文演说，欧巴马在介绍美国领导65个对抗伊斯兰国的盟友时，白宫官网直播的画面右方，出现中华民国的青天白日满地红国旗。[247]3月15日，马英九出访第二天过境美国，接受德州副州长丹·帕特里克及多位联邦众议员、德州州议员午宴。德州州长格雷格·阿博特因人在他地无法赶来面晤，但他坚持致电向马英九致意。下午参访台塑德州厂，邻近3位市长与Calhorn郡郡长也出席，其中拉瓦卡港市长杰克·惠特洛（Jack Whitlow）宣布将3月13日定为「马英九总统日」作为纪念；在晚宴时，休士顿市长西尔维斯特·特纳也宣布当天为该市的「台湾友谊日」。[248]4月5日，台美双方签署《发展国际旅客便捷倡议合作联合声明》，使台湾经过事先核可、符合低风险条件的国人得申请加入美国的「全球入境计划」，以免除入境美国时繁复费时的排队等进程。外交部指出，台湾是该计划16国家中，唯一非美国邦交国。[249][250]5月18日，美国联邦众议院通过2017年度国防授权法案，当中包含邀请台湾参与环太平洋军事演习，提升美台军事高层交流，以及明确说明对台军售进度等多项修正案。[251]同日，渔业署表示台湾在中西太平洋渔业委员会的架构下成立中华台北信托基金，借着基金的运作，可与中小岛国加强各种渔业合作关系。[252]

马英九与中共中央总书记习近平进行两岸领导人会面

「海峡两岸投资保障和促进协议」于2013年2月1日生效，并针对「人身自由与安全保障」议题达成共识，使中华民国民众在中国大陆的人身自由与投资权益受到保障。[253]以及签署「海峡两岸海关合作协议」，促进两岸贸易便捷与安全、[254]「海峡两岸货币清算合作备忘录」，人民币在台湾得以比照美元、欧元等外汇管理方式，两岸贸易及投资等汇款可直接以人民币结算。[255]10月6日，萧万长担任总统马英九特使，参加亚太经济合作组织，与中共中央总书记习近平会晤。陆委会主委王郁琦提出APEC萧习会「3个突破」，包括回归政府机制处理、陆委会主委全程参与，以及与中共中央台办主任张志军互称官衔等。[256][257]2014年2月11日至2月14日举行张王会谈，两岸首度以官方身分晤谈，使两岸官方交互正常化。[258]2月18日，国民党荣誉主席连战会见中共中央总书记习近平时当面提出，「中华民国大家应该来正视，应该来面对它，不要把它忽视。」、「中华民国在两岸关系拓展的过程中，是一个资产，不是一个负债」。所以，在这一前提下，「我们要用务实态度正视现实」。[259]

2015年3月11日，南韩学者投书媒体，标题为《朴槿惠政府对北交流政策向台湾学习吧！》，认为南韩总统朴槿惠应学习马英九对中国大陆逐步推进的旅游自由化、自由贸易、自由投资等政策，论述改善两岸关系后，换来经济与美国更多的肯定、挹注，南韩是否该参考并改善「对北关系」。[260]11月7日举行两岸领导人会面，在新加坡与中共中央总书记习近平会面，是两岸分治66年以来，两岸领导人首次面对面会谈。[261][262]

推动产学大联盟与产学小联盟计划，运用学术界研发能量帮助产业界技术升级，[263][264]及推动自由经济示范区。[265]

2012年7月19日核定通过「强化工业基础技术发展方案」。[266]9月13日核定「传统产业维新方案」，将IT、工业设计、文化创意、绿能等新元素注入传统产业，以提升附加价值。[267]10月8日核定「推动中坚企业跃升计划」，发展并辅导具有技术、创新、品牌等国际竞争力的「中坚企业」。[268]2014年推动创业拔萃方案，通过法规松绑、引进国际资金与专业知识及在花博旧址打造国际创业园区三大策略，协助台湾年轻人创业，拓展国际市场。[269]

成立行政院青年顾问团，成员可参与行政院、部会的会议。[270]2014年1月1日起施行「青年创业及启动金贷款」，截至11月底，已办理3,022件，提供保证金额25亿600万元，协助创业青年取得融资金额27亿8,900万元。[271]

2012年6月2日宣示推动紫锥花运动，倡导「反毒总动员，由校园推向社会，由国内推向国际，全球一起来」。并强力取缔酒驾，2014年酒驾致死人数较2013年减少31%。[272]马英九上任六年后，全般刑案从49万余件降为29万余件，下降约40%；暴力犯罪从9,500余件降为2,500余件，下降约74%；窃盗案件从24万余件降到8万余件，下降约66%；而诈欺案件，从2006年最高峰被诈骗金额185亿9千万元，在2013年减少为30余亿元；而在酒醉驾车的取缔方面，从最高峰的2006年死亡727人，到2013年已经降为245人，大幅减少6成之多，治安状况达到18年来犯罪率最低、破获率最高的阶段。[273]

配合「财政健全方案」修正「所得税法」，自2015年施行提高综所税扣除额，减轻民众负担，有七百万人受惠。[274]因应少子女化，补足现行人口政策缺口，增订幼儿学前特别扣除额，每户综合所得净额在113万元以下者，纳税义务人育有5岁以下之子女，每位幼儿每年可扣除2万5,000元，以减轻中低所得者育儿负担，约有34万户家庭可受惠。[275]

2011年，签署《台日投资协议》[276]，2012年，签署《台日产业合作搭桥计划之合作备忘录》[277]，2013年，签署《台日渔业协议》[278]、《台纽经济合作协定》[279]、11月7日，与新加坡签署《台星经济伙伴协定》[280]、11月28日，与日本签署《台湾-日本金融监理合作备忘录》。

2014年2月17日，与蒙古签署《台蒙再生能源与能源管理领域合作了解备忘录》[281]，与日本、加拿大、德国 、韩国、英国、爱尔兰、比利时、斯洛伐克、波兰、匈牙利、奥地利签署打工度假协定[282][283]。2015年6月1日，与美国签署《全球合作暨训练架构》[284]。11月5日，签署《台菲渔业执法协定》。2016年4月5日，与美国签署《发展国际旅客便捷倡议合作联合声明》。5月12日，与印尼签署《台印农业合作协定》[285]。5月19日，与图瓦卢、瑙鲁两国签订渔业协议[286]。

在世界经济论坛2014年公告的全球竞争力报告，台湾从2013年的第12名掉到2014年的第14名。为2009年来最不理想的排名[287]。台湾2014年国家竞争力下滑的原因为政府运行效率不佳、社会的凝聚力不足，企业研发创新投入及相关配套的不足。[187]根据瑞士洛桑管理学院的「2014年IMD世界竞争力年鉴」，在60个受评国家，台湾排名第13，较2013年滑落2名。在亚太地区排名第4，次于新加坡、香港、马来西亚。[288]「政府性能」及「企业性能」排名明显滑落，是总排名滑落的主因。2014年透明国际公布贪污感知指数，中华民国分数为61分（满分100分），在全球175个国家及地区中总排名第35名，在分数上，从2012至2014年分数皆为61分，表示近3年台湾在廉政作为的表现上是一样的，虽然在名次上已经连续2年都进步1名。[289]

瑞士洛桑管理学院公布2015年「IMD世界竞争力报告」。在61个受评国家中，台湾排名由去年13名提前到第11名，在亚太区当中仅次香港、新加坡。[290]世界银行发布「2015年经商环境报告」，台湾评比得分增加，但整体排名较2014年下滑1名，排第19。[291]6月24日，美国盖洛普顾问公司与Healthways健康机构公布2014年全球幸福指数调查，此调查依据5个指针：生活目标（purpose）、社会（social）、经济（financial）、社区（community）和身体健康（physical），台湾有19.8%的居民在3个指针以上感到满意，经济指针排名第13名，总排名59，虽较去年退步3名，但仍优于日本（92名）、新加坡（97名）、韩国（117名）、香港（120名）、中国大陆（127名）。[292][293][294]

2014年3月，爆发反对服贸协议及两岸经济集成的太阳花学运，是立法院首次遭到民众占领的事件，期间长达二十余日。期间官民、警民、蓝绿及统独两造大小冲突不断。甚至创下行政机关一度遭群众攻占破坏的首例。抗议期间，亦有民众向妈祖祈愿，求马英九下台。[295]

而在台湾于2020年11月15日被排除于区域全面经济伙伴关系协定（RCEP）后，马英九针对这些倒马运动则批评其摧毁两岸服贸协议，为台湾加入RCEP增加难度，也批民进党习惯意识形态治国，事情做不好就把责任推给中共打压。[296]

2023年3月27日至4月7日，马英九率团前往中国大陆进行祭祖、交流，成为1949年之后首位造访中国大陆的卸任中华民国总统[注 2][308]，此次访问，曾录制《声生不息·宝岛季》[309]。10月2日，因蔡英文政府将双十国庆日的英文名称，改成「Taiwan National Day」，马英九拒绝出席2023年中华民国十月十日的国庆大会，并发表声明：[310]

今天，我以十二万分沉痛的心情，宣布拒绝出席今年十月十日的国庆大会。

过去四十年来，不论在政府担任公职，或卸任总统后在民间工作，我每年都参加国庆大会，从未间断。因为我热爱中华民国，热爱台湾这个家园，全心支持中华民国宪法为我们家园带来的和平与稳定，我以参加中华民国国庆大会为荣。 但是，从前年开始，蔡英文政府将双十国庆日的英文名称，改成「Taiwan National Day」；翻译成中文，就是「台湾国庆日」。我们的国名，什么时候从「中华民国」改为「台湾」了？ 「中华民国」不见了。蔡英文政府刻意把「台湾」变成国家的名称，将中华民国的国庆日变成「台湾国」的国庆日，这是不折不扣的「台独」路线。 这样的做法，既不遵守中华民国宪法，违反了蔡英文总统2016年和2020年两度宣誓就职时，对全国人民做出「遵守宪法」的承诺，更危害台海安全。对国人来说，是极其不利、不负责任的做法。 过去我们政府从未使用「Taiwan National Day」这个英文名称，宪法和政府文书都没有变更国名，国庆大会就应该要继续使用「中华民国国庆日」（Republic of China National Day）才对。使用「台湾国庆日」，除了偷渡台独，有任何实质意义吗？蔡英文总统在任内最后一次的国庆大会，依然做出伤害中华民国的事，让人非常痛心。 我去年曾公开呼吁蔡英文总统与筹办国庆大会的立法院游锡堃院长，不要再以「Taiwan National Day」（台湾国庆日）作为国庆的英文名称，可惜他们置若罔闻，今年依然故我。 既然苦劝无效，我认为若再出席「台湾国庆日」典礼，形同为这样绕弯、偷渡的「台独」路线背书，坐视民进党政府危害台湾安全、伤害中华民国，因此我决定拒绝出席今年的国庆大会。我要告诉国人与世界，为了台湾的安全，子孙的福祉，我们不能再沉默，必须坚定和「台独」路线切割，坚决反对台独！

我也要呼吁每一位热爱中华民国、在意台湾安全的朋友，要拒绝这样错误的「台独」路线，要用选票，在明年一月的总统选举，下架这个违反中华民国宪法、无视台湾人民安全的政府，重新赢回中华民国。让我们明年十月，一起在总统府前，庆祝「中华民国」国庆！

2023年10月14日，马英九参加总统暨立委新北市竞选总部成立大会，支持国民党2024年总统选举候选人侯友宜[311]。11月15日，协调侯友宜与台湾民众党总统候选人柯文哲集成的政党协商，失败收场[312]。

2024年4月1日至11日，应中国大陆邀请，马英九再度率领「大九学堂」青年学子访问广东、陕西与北京，此行重头戏之一为出席祭黄帝陵大典「甲辰（2024）年清明公祭轩辕黄帝典礼」。马办基金会首席执行官萧旭岑介绍，马英九将率领大九学堂青年学子参访中华文化历史景点与企业，并到中山大学和北京大学进行两岸青年交流[313]。马英九在大陆访问期间受到高规格礼遇，致力于传播两岸和平、同根同源登理念。马英九于7日晚抵达北京，随后到国家大剧院参观，观赏国家大剧院管弦乐团、国家大剧院合唱团的表演。8日参观抗战纪念馆、卢沟桥，并在中共中央台办主任宋涛的陪同下参观故宫，当晚与北京市委书记尹力会面，强调「九二共识」「反对台独」等概念。9日上午，马英九一行登上八达岭长城[314]，下午则前往北京大学进行交流[315]。10日下午，马英九与中国共产党总书记习近平举行第二次会面[316]。

会面中，习近平以「尊敬的马先生」称呼马英九，强调坚持「九二共识」及「反台独」，并强调「两岸同胞都是中国人」「海峡的距离阻隔不断两岸同胞的骨肉亲情，制度的不同改变不了两岸同属一个国家、一个民族的客观事实，外国的干涉阻挡不了家国团圆的历史大势！」，高度评价马英九「素有民族情怀，坚持九二共识、反对台独，推动两岸关系和平发展，促进两岸青年交流，致力于振兴中华。」而马英九在致辞时一度将「中华民族」说成「中华民国」，且在谈及「九二共识」时进一步说明「1992年各自表述」的一中各表说法，并感谢大陆方面的热诚接待，强调台湾青年深刻了解中华文化的根源，体验大陆实际发展的面貌，更感受到两岸之间血浓于水的情感。马英九特别提到，「最近两岸情势紧张，引发不少台湾民众不安」，他引述鲁迅所说，认为两岸应该「一笑泯恩仇」，指出两岸如果发生战火，对中华民族都是不可承受之重，两岸的中国人绝对有足够的智能和平处理两岸争端，避免走向冲突[317][318]。

2016年10月，马英九应邀马来西亚柔佛南方大学学院以「世界华人的未来」为题，前往学院发表专题演讲的邀请[319]和出席同年举办的「第8届世界华人经济峰会」（WCES），当中对马英九的正式称呼，在马来西亚引起了一系列争议。第一个争议是该演讲合作媒体之一的《星洲日报》，其纸版与《星洲网》于11月14日刊出马英九专访时，后者把马英九的称呼，从纸版的「台湾前总统」改为「台湾前领导人」，引起了马英九办公室和本人表达不满和抗议，呼吁《星洲日报》坚守媒体不受政治干预的原则，尊重马英九「前总统」为卸任「总统」的事实，做出符合事实的报道。并表明，如果是这样的媒体，他以后就不想再打交道了[320][321]。《星洲日报》随后发表声名感谢马英九对该报的指正，声明指出，马英九先生是一位备受尊重的世界领袖，强调对马英九的称呼是根据整个两岸现有的政治情况，以及对「一个中国」政策的理解和表述，无意抵触任何一方的政策[322]。而在马英九于15日抵达之前，南方大学学院因演讲的宣传看板上，将马英九的称呼从「台湾前总统」更换至「台湾前领导人」，而南方大学官网和读者提供的入场证写着是「台湾前总统」。南方大学随后向马英九致歉和更改回「台湾前总统」的称呼[323]。但在15日又被揭露宣传看板上的称呼更改为「世界华人领袖前总统」的怪异口号。

南方大学学院校长祝家华同日接受《多维新闻》专访时表示，对马英九的头衔争议是他们始料未及，他希望未来两岸能在这方面有更多的共识，不应由海外华人解决这方面的争议，也不希望这称谓的争议成为马英九到访南方大学的议题。他也向《多维新闻》表示，在活动印刷品制作完毕后，曾接到「中国大陆方面的意见」[324]。负责举办「世界华人经济峰会」的马来西亚创办人杨元庆和李金友表明，邀请马英九出席经济峰会一事不应成为政治议题，也表明不希望经济峰会涉及到政治[325]。马英九当日结束在柔佛的行程，隔日前往槟城走访孙中山槟城基地纪念馆。

马英九于11月17日出席在马六甲举办的「第8届世界华人经济峰会」的演讲活动上，再次因为称呼问题和演讲题目引起一系列争议。因大会议事手册上，对于马英九的称呼却出现两个版本，一个是只有马英九没有头衔，仅称「尊贵的阁下马英九」（H.E. Ma, Ying-Jeou），另一个称马英九是「世界华人领袖」（World Chinese Leader），都没有写称呼「前总统」称号[326]，迫使马英九在胸前挂上自制的「中华民国前总统」的名牌，并向出席者自我介绍称「我是马英九，中华民国前总统」（I am Ma Ying-jeou , former president of the Republic of China（Taiwan）），成为大会中唯一挂著名牌的来宾[327][328]。马英九在开幕式后专题演讲的题目，也被主办单位从「台湾与东协经济更紧密的前景」（The Prospects for Closer Relations between Taiwan and the ASEAN Economies）更改为「海外华人在世界经济、科技及人文议题的角色」（The Role of Overseas Chinese in Shaping the Global Agenda on Economy,Technology ahd Humanity）[329]。世界华人经济论坛的网站早前也曾被发现称马英九为「世界华人领袖」。不过，网站却把 “World”误植为“Would”。马英九之后在下午召开国际记者会，抗议中共驻外使馆在演讲大会上对他的打压[330][331][332] 。晚间出席世界华人经济峰会的君子仁义奖颁奖典礼，晚宴现场将所有与会贵宾的头衔一律去除，都只剩下名字，司仪与会议主席李金友皆数度称马英九为「台湾前总统」。[333] 马英九于18日结束马来西亚访问行程，在台湾桃园国际机场受访时，对于「台湾前总统」头衔被改成「台湾前领导人」一事，他表示，中国方面主导这件事情是很清楚的，中国不必这样做，对改善两岸关系一点好处都没有，反而是损人不利己，推动两岸关系一定要把这些负面的影响考量进去[334]。

马英九于2023年受邀参加4月26日于希腊举行的德尔菲经济论坛，论坛官方网站将马英九头衔误植为「台北前总统」[335]，经外交部抗议后短暂更正为「台湾前总统」[336]，但在马英九出席前又多次更改为「台北前领袖（Former Leader of Taipei）」、「中华台北国民党前总统（Former President of the Kuomintang party-Chinese Taipei）」。外交部呼吁马英九在名衔未获更正前，应审慎评估是否与会。马英九基金会首席执行官萧旭岑则回应希望外交部适时提供协助并坚持出席[337]。

马英九于2015年与中共总书记习近平在新加坡举行「两岸领导人会面」

2005年8月5日，称支持「反共不反中，反独不促统」、「六四不翻案，统一不可谈」，两岸属「一中两区」。两岸「既非一边一国，也不是两个国家」，而是「一国两区」。反对「法理台独」、「正名制宪」、「台湾共和国」。

2008年5月20日，重申「三不政策」─「不统、不独、不武」的两岸关系，在中华民国宪法架构下，维持九二共识后的台湾海峡的现状，即「一中各表」，坚决反对中共所提出之「一国两制」。[338] 从2008年起未再参加六四纪念活动，引起泛绿批评「立场倒退」。[339] 9月3日，称两岸关系是一种特别的关系，但“不是两个中国”、“不是国与国的关系”，因为两岸的宪法都“无法容许在领土上还有另外一个国家”。与李登辉的特殊的国与国关系及陈水扁的一边一国主张明显不同。

2009年6月10日，对其两岸「不统、不独、不武」主张，单独挑出「不统」强调，「不统不是排除统一这个选项」。媒体报道，马英九并未同时明说「不独、不武」也有同样的类推意涵，使得这项主张开始朝向统一的方向倾斜[340]。

2010年6月2日，称他「一直关心六四，这是历史上重大的人权事件，中国大陆当局必须面对。」

2011年12月3日，在2012年总统大选电视辩论首度表明，台湾是为中华民国的简称与国际通称，两者皆是国家，并举例英国为「联合王国」或「大不列颠及北爱尔兰联合王国」的简称与通称，是马英九第一次在公开场合中提到「台湾是我的国家」。

2014年9月22日，与欧媒访问团晤谈后，《德国之声》中文网错误报导指马英九表示「强调愿意学习当初东、西德处理双边关系，最终实现统一的经验」 [341]，引发轩然大波。在各界指责下，总统府公布部分谈话内容，以证明报导错误 [342]。11月3日，马英九对《纽约时报》表示：「如果中国大陆能够在香港实施民主，或者中国大陆本身能够更为民主，那么我们就可以缩小海峡两岸人民的心理距离。」他同时强调：「我认为我们对香港民主化的支持，并不会损害两岸关系。」[343] 11月5日晚上，在台港生发起真普选布条快闪活动，约30余名参与者分头在总统府、台北车站、国父纪念馆、国立故宫博物院、香港驻台北办事处等地，挂出「我要真普选」标语布条，并将感谢马英九声援香港真普选诉求的布条送到《苹果日报》大楼，由《苹果日报》社长陈裕鑫亲自接待，随后挂上黄底黑字布条。[344][345]

2016年11月12日，中共总书记习近平在孙中山诞辰150周年纪念仪式提及中国共产党是孙中山最重要继承人。12月8日，马英九对此表示，如果真能做到、做得像，用和平、民主方式，欢迎大陆加入三民主义行列。[346]

2017年6月26日，马英九表示两岸统一不是不能谈，但必须要在和平、民主的环境下，才有谈的可能，和平是基本要求，民主则是必须经过的过程，要两岸双方各自多数人民都接受统一才有可能，反之则不能谈，并认为目前和平、民主条件尚未出现，应该继续深化两岸交流交互，创造条件。[347]

2018年2月25日，马英九在出席新同盟会春节团拜致词时表示，中华民国宪法是「一个中国的宪法」，不排除统一这个选项，但没有时间表。未来不管是哪一方海峡两岸提出有关国家统一的方案，都必须采取和平的方式和遵守民主的进程。马英九还说目前为止这些条件都还没有成熟，不过我们的目标之一就是能促进国家的统一，两岸一定要从和平、和解、合作开始才有前途。[348] 3月13日，马英九在东吴大学演讲时回应大陆修宪，他认为大陆的政治体系是党总书记摆第一，国家主席则摆第二，对实际权力运作没有差别，党才最重要，他并非赞成，只是要了解对方的体系，再进行观察。[13] 11月7日，马英九在「马习会三周年政策研讨会」上提出「新三不」主张，亦即「不排斥统一、不支持台独、不使用武力」[349]。他还同时指出台湾与大陆的情况一直都在改变，因应方向不能一成不变。但因为发表的时间正值台湾九合一选举投票时间倒数前17天，所以随即引起争议[350]。

2020年7月6日，马英九被问到对港区国安法看法时，仅表示「台湾国安五法不遑多让」，引发争议。[351]

2023年4月2日，马英九率团前往中国大陆进行祭祖、交流的第七天，在位于湖南省长沙市岳麓山的国家超级计算长沙中心的会议室与学生做交流。马英九在最后结尾致词时说：“我们国家分了两个部分，一个是台湾地区，一个是大陆地区，都是我们中华民国，都是中国。”也称：“大陆1982年的宪法前言里，也有提到‘台湾是中国不可分割的一部分’，‘这是事实很清楚’。[352]”

2024年1月8日，马英九接受德国之声访问时称两岸关系必须相信习近平，「不认为他（习近平）在推动统一」。马表示台湾无论如何都永远无法抵御与大陆的战争，也永远无法获胜，且「18次美中假想战争军推，18次都是美国输。」。被问到为什么不要求北京保证永远不会使用武力，马表示「他们可能永远不会接受这一点。」[353]

2024年，据马英九基金会消息，马英九受中国大陆邀请，将于4月1日至11日率领「大九学堂」青年学子再次访问中国大陆，前往广东省、陕西省与北京，并出席祭黄帝陵大典[354]。

2021年3月12日，因香港政治形势改变，马英九受访时表示，已故前中共领导人邓小平提出的「一国两制」构想已经正式走入历史，声明死亡，他感到非常遗憾。[355]

2022年10月，马英九受访时回应特斯拉创办人埃隆·马斯克「建议将台湾变成一个比香港更宽松的特别行政区」主张时，说「他这个看法就是『一国两制』嘛，这个我（们）没办法接受」[356][357]。

马英九展示来自太平岛的淡水

2012年8月5日，提出「东海和平倡议」。[358] 呼吁相关各方：
一、应自我克制，不升高对立行动；
二、应搁置争议，不放弃对话沟通；
三、应遵守国际法，以和平方式处理争端；
四、应寻求共识，研订「东海行为准则」；
五、应创建机制，合作开发东海资源。

2015年6月12日，提出「南海和平倡议」。[359] 呼吁相关各方：
一、自我克制，维持南海区域和平稳定，避免采取任何升高紧张情势的单边措施。
二、尊重包括联合国宪章及联合国海洋法公约在内的相关国际法原则与精神，通过对话，以和平方式解决争端，共同维护南海地区海、空域航行及飞越自由与安全。
三、确保区域内各当事方参与海洋合作机制，并遵守共同行为规范，以提升南海和平与繁荣。
四、搁置主权争议，创建南海区域合作机制，以全面规划及开发南海资源。
五、就南海环境保护、科学研究、打击海上犯罪、人道援助与灾害救援等非传统安全议题方面，创建协调及合作机制。

在国家认同上，马英九曾说过：「台湾是我们的家园，也是我们的国家，正式国名是中华民国，通称当然就是『台湾』。」[360] 并举例说明：「在国外人家问你从哪里来，他会说：『I'm from Republic of China, commonly known as Taiwan』；或是『I'm from Taiwan officially known as Republic of China』，这是很常见的。」[361][362][363]

• 一等功绩奖章（行政院，2006年12月20日[372]）

• 国鸟勋章大颈饰（危地马拉，2008年10月8日于台北总统府颁发[373]）
• 所罗门之星勋章（所罗门群岛，2010年3月24日颁发[374]）
• 阿玛铎大项链勋章（巴拿马，2010年10月22日于台北总统府颁发[375][376]）
• 弗朗西斯科·莫拉桑金大十字勋章（洪都拉斯，2010年11月15日颁发[377]）
• 圣基茨和尼维斯勋章（圣基茨和尼维斯，2011年3月10日于台北总统府颁发[378]）
• 国家功绩勋章弗朗西斯科·索拉诺·洛佩斯元帅颈饰（巴拉圭，2013年5月21日于台北总统府颁发[379]）
• 伊里萨里勋章大颈饰（危地马拉，2013年6月18日于台北总统府颁发[380]）
• 马耳他骑士团功绩勋章颈饰（马尔他骑士团，2015年11月5日于台北总统府颁发[381]）

2012年马英九提出东海和平倡议，2014年得到国际国民外交协会（People to People International，PTPI）董事会的推崇与认可，获颁艾森豪国际和平奖章（Eisenhower Medallion），是继1994年证严法师获奖之后台湾第二人。[382][383][384]

2015年10月28日，马英九出席第13届华人领袖远见高峰会，获颁远见领袖和平贡献奖，远见·天下文化事业群创办人高希均表示，远见创刊29年以来，访问报导历任总统，马总统因为在两岸和平重大贡献，成为第一位远见领袖和平贡献奖的总统得主。[385][386]

马英九儿时曾随家中长辈一同在天主教堂受洗，但上初中之后便很少去教堂，现无特定宗教信仰。[387]

1999年，时任台北市市长的马英九于一场由台北市政府及行政院农业委员会所合办的流浪犬认养活动「真情相约、携手防疫」中，认养一只混种流浪犬并取名马小九。在经过健康检查、驱虫及认养进程后，马小九与马英九家人一同居住于官邸，其生活大多由妻子周美青照料。马英九以「首长特支费」支付牠的健检及医疗费，因而引爆特别费案。[9][388][389]

爱吃红豆饼，2008年一场晚宴上曾因大口咬红豆饼而被周美青瞪。[390] 马英九常吃便当，曾有一年吃掉700多个便当的纪录。[391][392]

长期累积捐血次数，多达198次（至2019年1月8日），4万多毫升，是中华民国所有政治人物中捐血捐最多次的。[393][394]

声称2001年曾游泳横渡淡水、八里，距离不到1公里，只要20多分钟。[395]

2014年3月14日，接见外宾、提到台纽经济合作协定时将鹿茸说成是鹿耳朵里面的毛，因此被戏称「马卡茸」。[396]

2016年，宝可梦系列推出新的实境游戏《Pokémon GO》。有网友借此在PTT板上传一张玛瑙水母出现在总统府前的图，借此讽刺马英九与水母的共通性就是「无脑、很软、手有毒」[397]，马英九对此蔑称于卸任前拍摄视频回应表示：「宝宝不是马脑水母，可是宝宝不说」[398][399]。此外，由于从就任前开始，与马英九握过手的知名人士若发生意外，会不时被人开玩笑附会曾和马英九握手有关，所以被网友号称「死亡之握」，他也因此在视频中幽了自己一默[400]。

语言能力方面，马英九本人略懂粤语。[401]