陈建仁

2005年的陈建仁

2003年SARS疫情爆发，陈建仁临危受命出任行政院卫生署署长，积极改造卫生署及疾病管制局组织、建置全国感染症医疗体系、修订「传染病防治法」，提升台湾的卫生防疫能力[28][29]。

2006年，担任行政院国家科学委员会主任委员，修定行政院国科会组织法、推升台湾科技与生医产业、拓展国际科学技术合作。也参与推动国发基金投资生技新药产业，是促成设立宇昌公司的重要推手。陈建仁在2012年总统大选期间与87位科学家连署替蔡英文背书宇昌案，遭国民党质疑[30][31]。

2014年9月，参与卫生福利部国民健康署肝癌防治宣导片。

副总统任内官方肖像

2015年11月16日，陈建仁宣布请辞中央研究院特聘研究员兼副院长职务[32]，并宣布与民主进步党总统候选人蔡英文搭档参选中华民国第14届总统选举。

中华民国第十四任总统、副总统选举结果
号次	候选人	政党	得票数	得票率	当选标记
1	朱立伦、王如玄	中国国民党	3,813,365票	31.04%
2	蔡英文、陈建仁	民主进步党	6,894,744票	56.12%
3	宋楚瑜、徐欣莹	亲民党	1,576,861票	12.83%
选举日期		2016年1月16日	选举人数	18,782,991人
投票率		66.27%	投票人数	有效：12,284,970人 无效：163,332人

2016年1月16日，与蔡英文当选为中华民国第14任正副总统，同年5月20日正式就任[33]。6月3日，接见联合国非政府组织公共信息部门（UN NGO/DPI）执委会主席纳兹（Bruce Knotts）[34]。8月出访多米尼加，参加总统达尼洛·梅迪纳就职典礼。9月出访梵蒂冈，参加教廷举办的德蕾莎修女封圣仪式，并在仪式中晋见教宗方济各[35]。

2017年4月18日，再度接见联合国非政府组织公共信息部门执委会主席纳兹[36]。

2021年底，在时任中华民国总统蔡英文亲自邀请下申请加入民进党[37]；2022年2月25日，民进党台北市党部审核通过，并送交党中央确认[38]。2022年至2023年，担任小英之友会的荣誉总会长[39][40]。

2024年4月，行政院长陈建仁慰问花莲地震灾区慈济医院受伤民众。

2023年1月19日，时任行政院院长苏贞昌于总预算三读后再次向总统蔡英文请辞。1月25日，总统蔡英文征询前副总统陈建仁并获同意接任[18]；1月27日，总统蔡英文于总统府正式召开记者会宣布由前副总统陈建仁接任行政院院长[41]，1月31日就任，陈建仁表示这将是人生最后一个政务人员公职。[42]

陈建仁担任行政院国家科学委员会主任委员期间，挂名共同作者的论文出现抄袭争议。该篇论文是由国立台湾大学医学院医师陈冠宇所撰写，陈建仁和时任台大副校长杨泮池同为挂名的九名共同作者之一，杨泮池在第一时间对社会道歉并辞职，事后他出面说明是审查时的「抄录不当」而非抄袭，经修改后已获期刊刊登[45]。

2007年8月10日，《中国时报》刊登「又见次长涉案，再谈责任政治伦理」社论，批评民主进步党官员责任伦理的衰败，文中说到「国科会主委自己是论文抄袭案的主角，其学术伦理委员会对中兴大学的伦理案大开铡刀，祭出停权多年之处分，却对主委涉案不敢闻问」。时任国科会主委陈建仁对中国时报余建新、夏珍等人提出诽谤之诉。地院认为，该社论内容，显有依据，判决被告无罪。台北地院2008年1月31日判决指出，国际知名期刊《Cancer》杂志运行编辑于2006年12月6日函台大医院副院长蔡克嵩教授表示，该杂志认定案外人陈冠宇所撰投稿至该杂志之论文《Hormone Replacement Therapy and Lung Cancer Risk in Taiwan》手稿有抄袭之嫌，要求台大医院处理。而台大医院2007年12月14日学术伦理案件审议委员会会议认定本案件在introduction和部分method已引用相关文章，其英文有抄袭之事实，但显非故意，情节不重，又本案投稿论文未曾作为渠本次升等之代表著作，或参考著作，因此决议陈冠宇5年内不得提出教师新（改）聘及升等之申请 。至于共同作者部分，伦理委员建议由医学院院长与附设医院院长共同署名函知其他共同作者之服务机构，「以为提醒」[46]。

2015年11月总统副总统竞选期间，中国国民党立法委员蔡正元、王育敏、前立委邱毅指控，陈建仁承认没看过论文，既不知道内容是什么，就挂名为作者，有抄袭与欺骗之嫌[47]。蓝营名嘴黄智贤则质疑陈建仁挂名的论文出现抄袭这种丑事，竟然还高升中研院副院长，是因为他懂得博得长官喜悦[48]。蔡英文表示，陈建仁的论文这件事情是因为论文的第一作者陈冠宇在处理注释的疏忽，审查单位提出建议请他修改，经过严格的审查，刊登在《Cancer》这个国际知名非常权威的期刊，如果这个案子是涉嫌抄袭，这么知名、权威的国际杂志不会刊登[49]。

2023年1月30日，国民党立委王鸿薇再次质疑陈建仁挂名论文涉抄袭一事[50]，行政院准发言人陈宗彦今回应，这是2016年选举的议题，当时已有详细说明[51]。翁达瑞接受采访进一步说明，王鸿薇指称涉嫌抄袭的论文，顺利发表在顶尖期刊，既无勘误附录，也未被下架。显然这篇论文没有抄袭的内容，陈建仁当时是为该研究计划主持人，最大的瑕疵为没发现版本抄录不当，之后已经修正也顺利出版，自无下台与否的争议[52]。

2003年抗SARS期间，陈建仁出任行政院卫生署署长，稳住SARS疫情。在他获邀为蔡英文搭档参选副总统后，其抗SARS英雄头衔被对手阵营质疑。国民党籍立委吴育升说抗SARS英雄是叶金川，不是陈建仁。国民党立委蔡正元与名嘴黄智贤说，民进党说陈建仁是抗SARS英雄，但陈建仁不是，因为行政院提报的抗SARS名单上没有陈建仁[53]。在行政院公布的抗SARS有功医护人员的首波名单中，奖励三类人员或机构，分为第一线不顾自身安危投入抗SARS人员、第一线坚守岗位抗SARS之护理人员、与抗SARS有功之医疗团队等三类，首功人员有台大医院感染科主任张上淳、中研院副研究员何美乡、高雄荣民总医院急诊部主任颜幕庸、台北荣民总医院副院长李建贤、慈济大学教授叶金川、卫生署疾管局副局长许国雄、高雄医学大学教授何启功等人，陈建仁不在此第一线人员名单内。前卫生署署长杨志良说抗SARS英雄很多，功劳不能统统归在陈建仁身上，但陈建仁上任卫生署署长把大局稳住很重要[54]。前卫生署署长叶金川也表示，陈建仁肯定是抗SARS人物，没有争议[55]。2005年陈建仁获总统科学奖及中央研究院副院长之简介皆提及：陈建仁在2003年成功领导全国迅速遏止严重急性呼吸道症候群（SARS）之流行[28] 。

在2015年12月26日的副总统选举辩论会中，陈建仁失言引发国民党阵营批评。一是提到基隆河整治是民进党政绩编列1,500亿，民进党只用320亿；但事实是基隆河整治有三阶段，国民党执政时完成两个阶段整治分别1,046亿和121.8亿，民进党在执政时用320亿整治。二是说中二高编列5,000亿，民进党只用2,400亿就盖好；但实际是国民党执政时北二高1997年就完工，应是指中二高续建。三指桃园大潭电厂原编列4,000亿，只用1,000亿就盖好；事实是根本没有4,000亿这数字，1997年核定大潭电厂经费是1,227亿。国民党要求民进党2天内提出证实文档，如果没有，要公开道歉。[56]

事后陈建仁表示引用网络错误数据「紧张口误」，但始终不愿松口表达道歉。民进党在官方发布之辩论会文稿则主动修正错误数据。国民党讥讽，陈建仁辩论会上都是低头看稿照念，这样也能辩称口误，是说谎违反十诫惯犯，应该要跟天主忏悔或告解[57][58]；而民进党修正官网辩论会文稿，是欺骗行为。前行政院秘书长陈景峻则希望陈建仁当好辅佐角色，不必当辩士[59][60]。而他先前批评长照政策盖老人院，把老人和家人隔开像麻风病患被隔离，将老人院比做痲疯病院，引起了病患家属与老人的批评；他事后为此失言道歉，并向长照机构的服务者与志工致上最高的敬意[61]。为避免再次失言，2016年1月4日的副总统政见会，陈建仁及相关幕僚定调改走「稳健保守」路线，以阐述政策为主，让陈发挥所长，主打公卫医疗等相关议题。