邱义仁

• 二等景星勋章（2002年2月4日于台北总统府颁授[18]）
• 一等景星勋章（2004年5月19日于台北总统府颁授[19]）

• 旭日重光章（日本，2023年4月29日公布[20]）

2011年6月16日，前《自由时报》专栏作家、《新台湾新闻周刊》发行人詹锡奎（老包）说，他在1987年进入《自由时报》写「老包专栏」；但1992年初，《自由时报》毫无预警、也未说明理由撤下「老包专栏」并强制接管他的版面，导致他离职；1995年，他才被他的朋友告知，「老包专栏」被撤当天，时任民进党副秘书长的邱义仁带着民进党秘书长陈师孟与民进党主席许信良去和《自由时报》社长密室协商，当天晚上《自由时报》社长即促成此事，虽然《自由时报》社长一直对他说会帮他升官加薪、只要他不写专栏就好，但他依然离职；「老包专栏」被撤两星期后，由于读者群情激愤、不断抗议，《自由时报》打电话请他回去写专栏，但他拒绝。詹锡奎说，他转而在《自立晚报》开专栏一个月后，他在该专栏揭发许信良「带人去买票」，民进党支持者因而齐向许信良抗议，逼迫「许邱集团」（许信良与邱义仁）改变游戏规则、许信良公开向支持者道歉[21]。

三一九枪击事件发生时，各界消息不明，当时邱义仁曾出来召开记者会。在记者会上，记者问邱义仁「总统既然中弹，他是步行进医院的吗」，邱义仁露出笑意并回答：「可能吗？」面对当时记者提问「总统身上有没有子弹」时，邱义仁表示「有」。事后证实是弹头没有在陈水扁的身体内取出，而是在身上衣物内找到。另外，邱义仁于当晚宣布启动「国安机制」，在法律上没有明确授权。

泛蓝阵营以这几点，强烈质疑邱义仁通过国家公权力干预选举，并做出很多阴谋论的揣测[22]。

连战阵营提出的选举无效诉讼，后被法院判决败诉。

新加坡法院调查结果，黄志芳与邱义仁等人在巴纽外交公款侵吞案中均未涉及收贿或有经费流入其帐户；但巴纽案使民进党声望受到打击[23]。

2008年10月31日，邱义仁因涉嫌《贪污治罪条例》「利用职务诈取财物罪」，遭到羁押禁见。最高法院检察署特别侦查组调查发现，邱义仁疑似在2004年担任国家安全会议秘书长期间运行机密外交工作「安亚项目」，在运行完毕后仍向外交部表示，为了继续该项目，请求核拨五十万美元；外交部因此拨付五十万美元旅行支票，事后有部分支票在海外赌场兑现[24]。

监察院调查后，弹劾邱义仁逾越权限指示黄志芳办理中华民国与巴布亚新几内亚共和国建交事宜，严重斲伤政府形象，违失情节重大，于2009年8月17日发布：经公务员惩戒委员会议决，「邱义仁、黄志芳均撤职，并各停止任用贰年。」[25]

但包括前民进党立委林浊水在内的许多泛绿人士都认为此案很可能非贪污，检调单位调查有问题，并要求法官公正判决。

2011年8月30日，台北地方法院宣判安亚项目外交机密款一案，邱义仁、前外交部次长高英茂均无罪。法官于判决书指出：

1. 旅行支票上所兑现的日期，邱义仁未出国。
2. 前国安会副秘书长柯承亨确实于支票兑现日期出境，且对方经手者、中间联系人均有在收据上签名，认定支票确实已交由收受人，未被侵占诈领。
3. 邱义仁并非外交部人员、高英茂也非外交部的业务单位，查无证据能证明邱高二人故意违反《外交部机密经费审核及未送审凭证保管作业注意事项》，难认定邱高二人有施以诈术领取款项的犯行。[26]。

2012年6月，高等法院再审理认定，台湾加入世界贸易组织后，希望秘书长苏帕清协助中华民国排除中国借机矮化台湾，该外交款项确实运用在中华民国为确保参与国际组织时名称不遭矮化，属公款公用，无贪污事证，仍判两人无罪。邱义仁辩护律师高涌诚痛批，高院再判无罪，凸显特侦组的起诉草率，将在本案无罪定谳后，针对邱义仁遭羁押部分，提出刑事补偿声请。[27]

在侦办「安亚项目」机密款案件时，特侦组搜查邱义仁住处，发现𫟼震案报告文档。当时邱义仁回签，是在2008年卸任后，由国防部部长蔡明宪在住处交付。2014年8月，高检署认定蔡明宪把国防部的军事机密文档交给已卸任的邱义仁，依违反《国家机密保护法》起诉蔡明宪与邱义仁。蔡明宪在法庭上表示，在邱义仁卸任前，𫟼震案报告就已经提出，依规定提交给行政院正、副院长以及立法院院长，邱义仁当时仍担任行政院副院长，非在卸任后才交付。2015年8月，高等法院法官认为邱义仁当时记错了，判决两人无罪。高检署上诉后，2015年11月，最高法院驳回上诉，无罪定谳。

2020年1月9日，国民党义务副秘书长蔡正元与大陆商人孙天群指称，指使王立强炮制共谍案的是邱义仁。[28]对此，民进党立委管碧玲与庄瑞雄召开记者会反驳，转述邱义仁的话「这辈子没有去过澳洲」。[29]

2020年10月12日，邱义仁在美国乔治城大学视频会议中说，台湾人民对两岸关系的务实，不会选出疯子领导人，「台湾任何务实的政治人物，除非疯了，都不会推台独」，「哪怕如陈水扁，最后也会踩煞车」。10月15日，民进党国际事务部主任罗致政说明，邱义仁的说法没有违背蔡英文一贯的立场、也与目前民进党的两岸与外交政策没有冲突，「我们不会在这个地方制造任何冲突，也不会有任何挑衅的动作」[30]。

10月16日，中国国民党中央委员会政策委员会专员吕謦炜说，邱义仁说「除非疯了，否则都不会推动台独」，罗致政帮腔「台湾不会躁进」，这些说法接近国民党立场，「民进党该还给国民党跟中华民国公道了吧」[31]。10月19日，国立东华大学教授兼喜乐岛联盟主席施正锋批评，邱义仁「一个堂堂执政党的代表」却在国际会议「被逼供」，民进党公然背叛台湾人的寄望[32]。10月20日，吕秀莲在Yahoo奇摩发文，质疑号称「台独战略专家」的邱义仁「向中共表什么态、交什么心」，并要求邱义仁说明为何在三一九枪击事件 记者会露出微笑[33]。11月13日，精神科医师林进嘉说，民进党追求不统不独的立场已经非常清楚，民进党以为不统不独是台湾主流民意，「为求己身权力而迎合之」，无法再为理想引领风潮[34]。

2021年7月4日，陈水扁主持的「微微笑广播网」节目《有梦上水》访问邱义仁。陈水扁问，邱义仁曾经与林浊水反对民进党修改台独党纲，为何2020年邱义仁在乔治城大学视频会议说出那样的话？邱义仁说，他在乔治城大学视频会议说的是「宣布台湾独立，现在不适当」，台独是民进党的目标与理想，但要修改什么，兹事体大。陈水扁附和邱义仁，说「这是我们的神主牌耶」。邱义仁说，政府要考量实际上的对外关系，台湾「宣布独立」这个事情「说起来很残酷，要考虑国际形势，要考虑中国可能的作为」；如果台湾现在要宣布独立，不但引起大家紧张，台湾内部也不和，「甭说中国会打我们，据我的了解：美国根本就不赞成。台湾作为法律上独立的国家，已经不是台湾人民自己可以决定的事情。」邱义仁说，「党有这个目标，是有价值的；但现实上，要考虑国际情势包括美国反应，跟国内情形。现实跟理想中间怎么去努力，这是我讲那些话主要要提醒的目的。」[35]同日，台湾民意教育基金会董事长游盈隆表示，邱义仁等于宣布台独运动是一个危险且失败的政治运动，「而这竟然是民进党二次执政后的结论」[36]。

7月5日，中国国民党主席江启臣表示，按照邱义仁的说法，台独不可行，台独会引发紧张、冲突、甚至战争，连美国都反对台独，那么为何民进党还要欺骗台湾人民；蔡英文身为中华民国总统，应该公开宣示并且正告邱义仁，要捍卫中华民国、反对台独。民进党立委刘世芳说，邱义仁的说法并未脱离〈台湾前途决议文〉。民进党立委许智杰说，美国不是不支持台独，而是「时机未到」[37][38]。

7月6日，施正锋表示，不少人认为，台湾有国旗、国歌、宪法、政府及军队，所以是国家；但是，这些只是「国家打造」。施正锋批评，即使台湾再怎么民主化，台湾看人脸色、任人摆布，连起码的实质自主都没有，遑论法理独立；公然高举免战牌，俨然叶名琛，擦脂抹粉，掩饰不了小媳妇的心态[39]。同日，国民党副秘书长黄奎博表示，「不支持台独」是多年可见的美国官方立场，邱义仁非常坦白地向民进党与台独支持者交代台独的困境；以邱义仁与民进党政权关系之深，邱义仁的言论一定经过缜密计算，在中共政权与美国双重压力下，向中共政权喊话、也向美国交心[40]。

7月9日，台湾民族党总顾问刘重义批评，民进党不但没有推动台独的意愿，反而强力阻止台湾民间推动对台独有利的活动，「这种无民族尊严的台湾本土政党，会将台湾带上南越的死路」[41]。

7月25日，陈水扁在《有梦上水》访问立法院院长游锡堃，两人认为邱义仁的观点比较现实面，目前美国不同意、不支持台湾独立，「邱没讲错，但确实有想像空间」[42]。

2023年9月27日，民进党创党元老魏耀干在民进党「创党先进联谊餐会」会场外批评，邱义仁、赖清德等新潮流系政治人物宣称「谁再主张台湾是一个主权国家，就是疯子」。