日本人

日本人的定义可根据以下三个概念来区分：

• 按国籍分类
  • 日本国民

• 按地理分类
  • 本来就生活在日本国领土民族
    • 大和族
    • 琉球族
    • 阿伊努族等。

• 按民族分类
  • 任何以日语作为母语的民族。

日本列岛原住民的定义：

• 大和民族
• 生活在大日本帝国时代被吞并、目前仍属于日本国版图地区却又未被同化的民族
  • 琉球族
  • 阿伊努族

东亚Y单倍群迁移路径

日本列岛早在39000年前至21000年前的旧石器时代就已经有智人定居[17][18]。当时日本列岛与东亚大陆相连，原本生活在东亚大陆的狩猎采集者因而能够进入日本列岛。其可能路径分别有：北方的库页岛路径、西方的朝鲜半岛路径、西南方的西南诸岛路径。在日本列岛各处都挖掘到不少这个时代的石器和骨器[19][20]。

日本分为三个族群：北海道的阿伊努人(inu)、冲绳的琉球人(Ryukyuan)，以及人数最多位于本州、四国、九州地区的「本土人」(Mainland Japanese)。而现代三个地方的族群，遗传组成并不太一样，本土人大多比较接近中国北京汉人(HCB)，阿伊努人的差异最大，而琉球人介于其间，不过较为靠近本土人。

日本自古以来就一直有来自世界各地的人归化成日本人，除了亚洲人外，也有欧洲人如耶杨子、三浦按针、小泉八云，甚至非洲人如弥助也是归化民。

日本帝国领土

而在大日本帝国时代，「日本人」一词更包括所有日本帝国海外殖民地的公民，如台湾人和朝鲜人。在当时，用来指称日本民族的官方术语是「内地人」。而这些用语上的改变是为了促使殖民地的公民更能融入单一的日本帝国公民这个身份上[21]。

第二次世界大战后，大量生活在库页岛南部、持有日本公民身份的尼夫赫人和鄂罗克人、阿伊努人皆被苏联视作日本人而强行遣送回北海道。但在另一方面，很多同样生活在库页岛南部、持有日本公民身份的朝鲜人在战后却一直维持无国籍[22]。

而在近代，因为有国籍法的关系，任何取得日本国籍的外国人都是法律上的日本人。如韩裔日本人（在2017共有371161人[23]）、华裔日本人（在2017年共有141668人[23]）、巴西裔日本人、美裔日本人、俄罗斯裔日本人、蒙古裔日本人等。

古坟人是古坟时代定居在日本群岛的人类之统称。 在弥生时代之后，有人们来自东亚大陆，他们遗传配备大量黄河农耕族群DNA类似现代汉人。他们携带的基因占现代本州地区人口基因组近70％。他们的平均身高是日本有史以来除现代外排行第一者。从基因学的角度看古坟人的根源（Y染色体单倍群）在石川县金泽市观宝寺町岩出洞墓出土的古坟遗迹（JPIW32）中发现的单倍群O2a2b1a1a1a4a1-CTS5308 它是单倍群O2a2b1a1-M117的一个分支，被认为与汉藏语系有关。日本最初的国家兴起看来和古坟时代大量的东亚移民关系密切，而开始定居、种稻的弥生人，其实DNA有很高比例继承自绳文人。本来以为的「弥生人」，现在看来似乎是「古坟人」才对。

绳文人是在绳文时代就生活在日本列岛的居民的统称。目前大多数学者都认为绳文人并非单一民族，而是最起码有两三不同的群体[26]。目前的全基因组分析研究所见，绳文人和东南亚的南岛民族和东北亚的远古西伯利亚人和东亚人都有关联[27][28]。不过基因分析绳文人比较偏向东南亚的南岛民族，东北亚的远古西伯利亚人比较稀少。

而冲绳的古代冲绳人基因组。样本来冲绳群岛南部，宫古岛的 Nagabaka 遗址。新石器时代晚期的样本，遗传上可以视为100%的绳文人。然而几百年前冲绳居民的绳文基因剩下约20%和现代冲绳的居民平均差不多。至于现代的本州、四国、九州居民则是10%左右。

根据2022年的论文，首度的日本列岛以外见到绳文人的基因。在韩国发现1600年前左右的古代韩国人基因组，他们与对岸日本的绳文人共享部分血缘，但是现代的韩国人完全没有。样本来自朝鲜半岛最南端，金海市（Gimhae）的 2 处遗址。年代为4到5世纪，那时朝鲜半岛处于朝鲜三国时代，当地政治上属于伽倻（Gaya）的疆域。原本以为绳文人是日本限定，但是论文报告指出，朝鲜半岛南部6000年前的居民也有绳文祖源。这回得知至少到1600年前，绳文血缘仍然存在。不过相关人等似乎都没有绳文人的文化特征。如果不看绳文DNA 变异的话，这群1600年前的古早韩国人，和现代的韩国人十分相似；只是现代韩国人都没有绳文DNA，伽倻居民不太可能是现代韩国人的直系祖先。

弥生人的Y染色体主要为单倍群O-M176（今约占36%）、单倍群O-M122（今约占23%）和单倍群O-M119（今约占4%），皆为典型的东亚和东南亚单倍群。[29][30]。日本分子人类学家崎谷满表示单倍群O1b2主要常见于日本人、朝鲜人和满人，而O1则在长江文明的男性身上找到。他认为，长江文明没落后有几个部落分别向西、北迁移，往北的一支最后到达山东半岛、朝鲜半岛和日本列岛[31]。另有研究指单倍群01b1为南亚语系民族主要的父系血统与O1b2共为「泛南亚父系血统」（para-Austroasiatic）[32]。弥生人是3000年前东北亚移民，他们遗传上配备大量黑龙江采集狩猎族群并跟绳文人混种，然而绳文血缘仍然超过一半，只能说弥生人是绳文人旁系。弥生人在现代日本人的遗传上的存在感，没有原本以为的那么高。

日本东京大学学者植田信太郎与中华人民共和国中国社会科学院学者王丽组成的中日联合研究团队，在2000年发布的研究报告，比较在中国山东省发掘的古代遗体，发现在战国时期中期以前的山东人，在遗传基因上与欧洲人接近，有印欧人的特征；西汉末年以前的山东人则接近于中亚地区的维吾尔人与吉尔吉斯人。现代山东人则与东亚的日本人与韩国人基因接近，日本弥生人可能源自山东[33][34][35]。