陈吉仲

2015年10月1日，台湾被欧盟列入打击非法、未报告、不受规范（IUU）渔业不合作国家警告（黄牌）名单[21]，在陆续完成修订渔业三法、创建监控机制、渔获可追溯、国际合作的目标后[22]，陈吉仲宣布欧盟于2019年6月29日解除黄牌[23][24]。2020年1月，欧盟到台湾视察时认定政府执法密度有下降迹象，要求持续严格执法以免再次列入黄牌甚至红牌制裁[25]。

2020年9月30日，美国劳动部将台湾远洋渔业的渔获列入《童工及强迫劳动制品清单》[26]，2021年7月1日美国国务院在《人口贩运问题报告》中点名「台湾应积极调查在远洋渔业中，涉嫌劳力剥削的台湾权宜船或台湾籍渔船」[27]，陈吉仲表示会提出相应改善措施力拼2022年除名[28]，然而台湾远洋渔业渔获依旧被列入2022年9月30日公布的清单。[29][30]

2020年6月17日，陈吉仲表示，世界动物卫生组织宣布台湾脱离口蹄疫区，行政院农业委员会将继续帮助养猪产业再升级。[31][32]他并表示，这一切来自24年来自各防疫机关、学术界及全国猪农的配合才得以完成，他在记者会上并特别感谢2018年过世的全国首席兽医官、防检局前副局长施泰华[33]，语带哽咽[34]，赞誉施泰华临终之前仍在为抵御非洲猪瘟而奋战。[35][36]

2020年9月，陈吉仲为中央开放进口猪肉的瘦肉精含量和30月龄以上的美国牛肉进口背书[37]，除了将莱克多巴胺比喻为民众食用的保健品[38]，并表示「反对莱猪就是反对美猪，通过反莱猪公投后无法加入CPTPP」[39]。然而被新闻媒体揭露陈吉仲于2003年时对马英九政府开放美国瘦肉精猪肉采强烈反对立场，质疑立场反复。[40][41][42]

2021年，海巡人员于台南安平外海拦截来自中国大陆的154只走私名贵猫种[43]，并由动植物防疫检疫局高雄分局于隔日（8月20日）旋即将这批走私猫安乐死[44]。除了运行过程的快速，由于该日正好也是国际流浪动物日，因此蔡英文总统的脸书专页也被频繁留言，甚至于深夜回应大众[45]。为此，陈吉仲表示他是负责国内所有动植物防疫工作的指挥官，由他承担此事任何批评和谴责[46]。

2023年9月，国民党立委王鸿薇质疑农业部从巴西进口的蛋，保鲜期只有120天，5月30日装船，有效期标10月5日[47]。另外，外界也质疑进口时间是否巴西6月宣布禽流感爆发时间重叠。针对有关事件，农业部表示是台农标示错误，实际上是9月24日，而台农蛋品老板表示洗选包装标示是依过去国内洗选蛋流程，官方对进口蛋标示没有明文规定[48]。其后陈吉仲于9月19日到民进党立法院党团接受有关进口鸡蛋问题的质询[49]。同日晚间，陈吉仲向行政院长陈建仁请辞获准，于21日生效，由农业部次长陈骏季暂代部长[50]。