神社本厅

1872年（明治5年），伊势神宫少宫司浦田长民创立神宫教会。

1875年，集结全国神道诸派的行政团体神道事务局成立，总裁由有栖川宫帜仁亲王、副总裁由岩下方平出任。1882年，从神道事务局独立的神职中央机关皇典讲究所创立。神道事务局在1884年改组为神道本局。1885年《会通杂志》创刊，刊载皇典讲究所与神道本局的记录和官方公告、外国报告、官国币社祭日等[9]。

1890年在皇典讲究所所长山田显义邀请下出任初代国学院院长的高崎正风。

1890年（明治23年）11月29日施行大日本帝国宪法第28条，国民拥有「宗教自由」，神道与佛教、基督教获得国家正式承认为宗教组织，另一方面，神社则被视为是国家祭祀行为而非宗教[10]。皇典讲究所设立教育机关国学院。

1898年（明治31年），全国神职会成立，强化全国神社的合作[11]。1900年（明治33年），内务省社寺局重整为神社局与宗教局，分隔神社与佛教[12]。全国神职会之后更名为「大日本神祇会」，成为神社本厅的前身团体之一[12]。

1899年，神宫教发展为神宫奉斋会。

1909年1月30日，独逸学协会干部、国镜社社主饭山正秀为了推广皇道学与教育勅语而创立教育团体日本奖学义会[13][lower-alpha 1]。 1917年（大正6年），日本基督教会的「神社决议」声明否定神社非宗教论[lower-alpha 2]。

1918年（大正7年），今泉定助就任皇典讲究所理事，扩充国学院并更名为国学院大学。1921年（大正10年）就任神宫奉斋会会长。

昭和时期的1938年，日本大学皇道学院设立，今泉定助就任院长。1940年设置神祇院[16]。

1945年（昭和20年）10月4日，驻日盟军总司令（GHQ/SCAP）废除「对思想、宗教、集会和言论自由的限制」，颁布「自由指令[17]」允许「无限制地讨论天皇、国体及日本帝国政府」[18]。12月15日，「神道指令」命令日本政府废除神祇院，将国家与宗教完全分离[19][18]。12月28日，「宗教团体法」废止，同时公布「宗教法人令」[20]。

1946年（昭和21年）1月23日，配合「神道指令」，大日本神祇会、皇典讲究所、神宫奉斋会三团体成立神社本厅。

神祇院本应在没有占领军施压下维持现有的神社非宗教立场，但在「神道指令」公布时遭到废除[21]。另一方面，苇津珍彦认为会有严厉的镇压，与皇典讲究所的吉田茂（非内阁总理大臣）、神宫奉斋会的宫川宗德一同寻找出路[21]。

1945年（昭和20年）10月25日，苇津在「神社制度改革的私见」中，向大日本神祇会、皇典讲究所、神宫奉斋会相关人士提出由民间主导保留神社界[21][22]。苇津提出「创建一个传达正确消息并进行统一处理的全国组织」、「联合各神社的松散『神社联盟』」、「该神社联盟没有教义表决权」[21]。11月7日至8日举行第2回民间三团体联合恳亲会，通过「联合三团体」、「在神祇会馆设立准备处」、「起草联合草案并召开审议会」[21]。然而，大日本神祇会在11月13日向设立准备审议会提出的「神社教（暂称）教规大纲案」如宗教团体一般，纳入了教义表决权与旗下神社的人事权[21]。对此，苇津主张「固化教义违反神社神道的本质，打造强力的中央集权组织将引来占领军的干渉」，大力反对大日本神祇会案[21]。翌日14日，宫川宗德提出以苇津案为基调的折衷案[21]。审议会制定了以苇津案为中心的神社界组织构想，于1946年（昭和21年）1月23日提出声明「以全国神社的共识为基础，在本宗皇大神宫的允许下，成立涵跨全国神社的新团体，努力实现合作神社的使命，为新日本的建设做出贡献。」成立宗教法人神社本厅，2月3日正式设立[21][23]。神社本厅成立后，根据宗教法人法（宗教法人令），神社将被视为与其他宗教一样的宗教组织[12]。

本厅设立时，神宫奉斋会捐赠10万日圆给神社本厅，将「拥有相当设备」（宫川所称）的奉斋会地方本部奉斋所重整为神社[24]。例如，东京奉斋会本院在1946年（昭和21年）3月向神社本厅申请设立神社，成立东京大神宫[24]。

1956年（昭和31年）5月，公布神社信仰基本方针「敬神生活纲领」，为氏子、崇敬者的教化、养成做出努力。1980年（昭和55年）7月施行「神社本厅宪章」，确立神社本厅的基本精神规范[25]。

神社本厅是日本全国约8万社的包括宗教法人。每个神社都有自己的历史，并有八幡信仰、稻荷信仰等多种宗教信仰，很难确立一个统一教义。1980年（昭和55年）5月21日制订「神社本厅宪章」。其背景和立场在序言中陈述「迄今为止，重要的关注点是创建和维护基本规范作为精神融合的纽带。」，附则规定「本宪章施行时，厅规及过去规定等视为依本宪章制定。」。

第一条「神社本厅尊重传统，追求振兴祭祀与宏扬道义，祈求天皇治世兴盛，为四海万邦的安宁做出贡献。」。

「神社本厅宪章」以前，神社本厅的运行精神订于昭和31年（1956年）制定的「敬神生活纲领」。

神社本厅没有成文教义，但根据『神社本厅宪章解奢』，神社本厅的成立和活动精神是基于「神社本厅宪章」与「敬神生活纲领」[26]。

神社本厅是约8万社的神社包括团体。因此广义的「神社本厅」是包含被包括神社在内的集合体，狭义的「神社本厅」则是指涩谷区代代木的事务组织。神社本厅议决机关是由全国神职、总代所选出的评议员会，总长以下委员也由其选任。与战前的监督官厅神祇院拥有完全不同的组织体质[27]。

• 总部位于东京都涩谷区代代木一丁目1番2号（明治神宫北参道入口旁）[28]。
• 总裁依据「神社本厅宪章」（宪章）为名誉职。现任总裁为前神宫祭主池田厚子（旧名顺宫厚子内亲王，昭和天皇四女、明仁上皇姊、德仁伯母）。
• 依据宪章，「统理」总管神社本厅，为本厅代表。同时担任日本会议顾问。现任统理为鹰司尚武。
• 神社本厅规则「神社本厅厅规」所订之宗教法人代表役员为总长。现任总长为石清水八幡宫宫司、京都府神社厅长田中恒清。田中也是日本会议副会长。
• 各都道府县设有地方机关神社厅，各神社厅下设支部。除了人事财政等各事务外，也负责地方活动的推广。部分神社厅也是宗教法人，此时是神社本厅的被包括法人。

• 神社本厅管辖全国约8万座神社[29]。其中，由神社本厅介入神职进退的神社称作别表神社，约有350社[29]。
• 属于神社本厅的神社也可能同时是其他宗教法人。
  • 例：出云大社（出云大社教）、石锤神社（石锤本教）等

• 全国旗下神社的神宫大麻（天照大御神之札）初穗料的一半纳入神社本厅收入。另一半则为伊势神宫收入[29]。2001年（平成13年）度的神社本厅收入约35亿日圆[29]。此外，钻石周刊报导神社本厅要求旗下神社需颁布一定数量的神宫大麻[29]。神社本厅将神宫大麻的颁布列为活动目的之一[30]。

全国神社总代会是神社氏子代表人，在神社本厅内设有事务局[31]。

神社本厅初代事务总长宫川宗德出任社长的神社新报社于1946年（昭和21年）2月成立[32]。一般财团法人神道文化会也在宫川的提倡下设立[33]。神社本厅的评议委员会通过神社新报社等公布举行信息[28]。

1969年（昭和44年），神道政治联盟成立[34]。

神道政治联盟国会议员恳谈会（神政连会国会议员恳）由赞同神道政治联盟理念的日本国会议员（实际上皆为自民党员）组成。现任会长为安倍晋三。第3次安倍内阁阁僚20人中，除了公明党以外的19人皆为神政连国会议员恳的会员[35]。

指定团体是指神社相关团体中，由神社本厅推荐、培育、资助的团体[36]。

• 全国敬神妇人联合会 - 奉仕神社的妇人会全国组织。
• 神道青年全国协议会 - 青年神职的全国组织。
• 全国神社保育团体联合会 - 神社为营运母体的幼稚园、保育园、认定儿童园、保育所等之互助与学习。
• 全国教育关系神职协议会 - 教职员兼职之神职等互助与学习。
• 全国神社童军协议会 - 直接或配合经营童军、女童军的神社之相互互助（童军可取得「宗教章」）。
• 全国氏子青年协议会 - 以神社为中心的青年团体，旨在通过神社服务为当地社区的发展做出贡献。

金刀比罗宫、镰仓宫、靖国神社、伏见稻荷大社、日光东照宫、气多大社、白崎八幡宫、梨木神社、新熊野神社、富冈八幡宫等知名神社皆非神社本厅所属神社，而是单立宗教法人。大型单立神社约有2000社，加上小型祠堂等在内的单立神社则达20万社[29][37]。东大阪市半数以上具有宗教法人格的神社皆非属神社本厅[38]。

除了神社本厅以外，还有同属神社神道系的包括宗教法人（神社本教、北海道神社协会、神社产土教、日本神宫本厅等），这些所属神社也非属神社本厅旗下。

气多大社虽是别表神社，但因财产管理与处分等规则变更而与本厅对立展开诉讼，最后脱离神社本厅成为单立神社[39][40][41]。明治神宫也在2004年（平成16年）解除神社本厅被包括关系，脱离别表神社，但2010年（平成22年）8月23日再恢复神社本厅被包括关系。富冈八幡宫则因宫司人事而决定脱离[42]，2017年（平成29年）6月再次提出脱离神社本厅，同年9月获东京都承认[43]。金刀比罗宫则因不满神社本厅作为而在2020年6月脱离[44]。

钻石周刊报导神社本厅在2014年的所有财产为93亿7644万日圆[45]。其中包含神社本厅建物14亿4079万日圆，境内地地价10亿8900万日圆[45]。所拥有之普通财产包含出版历史教科书的教科书公司股份等[45]。

2005年（平成17年）3月17日，神社本厅针对「皇室典范有识者会议」的皇位继承议题，以「针对皇室典范修正的神社本厅基本立场」发送至各都道府县的神社厅。针对同年11月24日有识者会议的报告书，12月2日发表「皇室典范修正问题之神社本厅基本见解」[50]。本厅提出皇位「无一例外地由男系继承」[50]，「针对皇室典范修正的神社本厅基本立场」呼吁政府与有识者会议应尊重男系皇位继承传统[50]。

2005年（平成17年）6月9日，神社本厅就内阁总理大臣参拜靖国神社等争议，也就是所谓的靖国神社问题，表示分祀「从神社祭祀（さいし）的本义来说是不可能的」[51][52]。其中，神社本厅对于包含A级战犯、战争审判犠牲者等「昭和殉难者」于靖国神社合祀、慰灵表达支持，并对许多人误解祭神的「分祀」意义，偏离了神社祭祀的本义表达忧虑。本厅认为靖国神社是日本战死者追悼的中心设施、祭神分离的「分祀」不能套用在神社祭祀上、首相应该继续参拜靖国神社、A级战犯是国会决议后通过政府运行而实施合祀。

此外，神社本厅也是靖国神社崇敬奉賛会的法人会员。

1957年（昭和32年）8月21日，神社本厅与生长之家（现生长之家本流运动）、修养团等为了推动恢复纪元节（将西历纪元前660年2月11日初代神武天皇登基日视为日本国诞生日）而组成「纪元节奉祝会」。1967年（昭和42年）纪元节以「建国纪念之日」的名称复活。

中国电力规划的山口县上关原子力发电所预定地有部分是四代八幡宫境内地，当时宫司林春彦反对提供神社地[53][54]。林春彦在2002年表示神社本厅代表役员计划将他解雇[53]，支持派氏子更在2003年要求解雇宫司[54]。

神社本厅对于该神社境内地的财产处分申请表示「核能发电不会排出造成地球暖化的温室气体，不会造成环境破坏」，同意四代八幡宫售出境内地[55]。

神社本厅与部分神社参与樱井良子主导的「制定美丽日本宪法国民之会」连署活动[56]。对此，作为单立神社的新熊野神社宫司尾竹庆久表示「神社的职务是创造一个能让参拜者舒适参拜的环境。（在神社）推动可能让人不舒服的修宪运动，是放弃了神职职务、将神社私物化」[37]。八王子市浅川金刀比罗神社宫司奥田靖二也表示「神社在战前是战争的共犯。如果要反省过去，神职、宫司应该反对和平安全法制」。

1977年（昭和52年），津地镇祭诉讼的最高裁认定（昭和52年7月13日大法廷判决）国家与自治体进行社会一般习惯的宗教仪礼非日本国宪法第20条第3项禁止之「宗教行为」，判定合宪[57][58]。神社本厅表示从此推翻占领军的国家宗教「完全分离主义」，确立了宪法的政教分离解释[57]。此解释也让平成的皇位继承相关仪式、仪礼成为可能[59]。

2015年，神社本厅卖出川崎市一般职员的百合丘职舍，购入总务部长居住的危机管理用新职舍[60][61][62]。 两名因指出上级与业者有勾结嫌疑而遭到惩戒处分的前干部称其是「非法对合法内部举发进行报复」，向东京地裁提起诉讼[61][62]。

2021年3月18日，东京地裁判决惩戒处分无效，神社本厅需支付薪资[63]。