室町时代

1335年，足利尊氏利用前往东国平乱时机，在镰仓反叛，1336年1月攻入京都，3月退出京都进军九州。以后醍醐天皇为代表的朝廷派遣新田义贞前往平叛，两军于兵库凑川决战，新田义贞大败，足利尊氏再次攻入京都，后醍醐天皇出逃，尊氏拥立光明天皇，并将后醍醐天皇监禁。

尊氏控制京都后，自任“征夷大将军”，室町幕府正式创建。同年12月，后醍醐天皇逃至吉野，宣布重开朝政。京都光明天皇朝廷为北朝，吉野后醍醐天皇朝廷为南朝，日本正式进入南北朝时期。

3代将军足利义满

1336年11月7日，室町幕府公布《建武式目》，标志着足利幕府统治的创建。1350年2月，足利尊氏之弟足利直义背叛北朝投靠南朝，并于1351年1月率军大败幕府军，2月尊氏与直义和好，但不久又因南北统一主张的不同再次反目。1353年2月，尊氏杀直义。1358年4月，尊氏病故，12月，足利义诠继任第二代将军。1367年11月，足利义满就任第三代将军，1392年，北朝统一南朝。南北朝时代结束。

长期动乱中，广大的下层农民受害最深，反抗官府和统治者的抗争不断发生，被称为「一揆』（意为「揭竿而起」）。1428年9月18日，近江国醍醐乡的农民以德政为口号发动起义，史称「德政一揆」，起义得到广泛响应。1441年8月，德政一揆规模扩大，幕府不得不颁布「德政令」，宣布取消农民一切债务。9月14日，进一步发布「一国平均德政令」，不论身份贵贱、地位高低，一切债务全部废除。

1467年，幕府三管领中的细川胜元与四职中的山名持丰（山名宗全）等守护大名的争斗。其范围除九州等部分地方以外，战火遍及其他日本国土，史称「应仁之乱」。由于此一动乱，使日本进入将近一个世纪长的战国时代。

1573年，织田信长流放最后一任将军足利义昭，室町幕府正式灭亡。