腔棘鱼纲

A：布氏米瓜夏鱼（Miguashaia bureaui Shultze, 1973），产自晚泥盆纪弗拉斯期的加拿大魁北克省米瓜夏。
B：一种重尾鱼（Diplocercides heiligostockiensis Jessen, 1966），产自晚泥盆纪弗拉斯期的德国贝吉施格拉德巴赫。
C：Serenicthys kowiensis gen. et sp. nov.，产自晚泥盆纪法门期的南非格拉罕镇。
D：蒙大拿异翅鱼（Allenypterus montanus Melton, 1969），产自早石炭纪纳穆尔期的美国蒙大拿州。
E：Rhabdodema elegans (Newberry, 1856)，产自晚石炭纪维斯发期的美国俄亥俄州林顿。
F：西印度洋矛尾鱼（Latimeria chalumnae Smith, 1939），产自现今的非洲东海岸。

根据鱼类分类学网站 DeepFin 所采用的分类方案（即2017年美国学者 Betancur-R 等人修订的硬骨鱼系统发育分类），在不纳入史前类群的情况下，腔棘鱼纲和肺鱼四足纲是构成肉鳍鱼总纲的两大基础分支，二者互为姊妹群，并与其他现生硬骨鱼类形成如下分化关系：[2]

硬骨鱼高纲	辐鳍鱼总纲    腕鳍鱼纲 Cladistia   辐鳍鱼纲    软质亚纲 Chondrostei   新鳍亚纲    全骨下纲 Holostei      真骨下纲 Teleostei    Neopterygii   Actinopteri   Actinopterygii  肉鳍鱼总纲    腔棘鱼纲 Coelacanthimorpha   肺鱼四足纲    肺鱼亚纲 Dipnomorpha      四足形亚纲 Tetrapodomorpha    Dipnotetrapodomorpha   Sarcopterygii
Osteichthyes
	软骨鱼纲 Chondrichthyes （外类群）

结合1995–2012年间的相关数据，腔棘鱼纲内部假定的分化关系如下（符号 † 表示已灭绝）：[4][5][6][7][8]

• 腔棘鱼纲 Coelacanthimorpha（符号 † 表示已灭绝）
  • †米瓜夏鱼科 Miguashaiidae（泥盆纪）
    • †Gavinia
    • †米瓜夏鱼属 Miguashaia
  • †重尾鱼科 Diplocercidae（泥盆纪至石炭纪早期）
    • †Dictyonosteus
    • †重尾鱼属 Diplocercides（Nesides）
  • †瞬鱼科 Hadronectoridae（并系群）
    • †异翅鱼属 Allenypterus
    • †瞬鱼属 Hadronector
    • †全鳍鱼属 Holopterygius
    • †Lochmocercus
    • †多鼻骨鱼属 Polyosteorhynchus
    • †Spermatodus
  • †棒鱼科 Rhabdodermatidae（石炭纪）
    • †吮虾鱼属 Caridosuctor
    • †棒鱼属 Rhabdoderma
    • †Sassenia
  • †前鳍鱼科 Laugiidae（三叠纪晚期至白垩纪晚期）
    • †Coccoderma
    • †前鳍鱼属 Laugia
    • †Trachymetopon
  • 腔棘鱼目 Coelacanthiformes（泥盆纪早期至今）
    • †怀特鱼科 Whiteiidae
    • †叛逆腔棘鱼科 Rebellatricidae
    • 矛尾鱼亚目 Latimerioidei
      • †Garnbergia
      • †莫森氏鱼科 Mawsoniidae
      • 矛尾鱼科 Latimeriidae