法务省

• 法务大臣（法律2条2项）
• 法务副大臣（国家行政组织法16条）
• 法务大臣政务官（国家行政组织法17条）
• 法务大臣补佐官（国家行政组织法第17条之2） - 非必要。
• 法务事务次官（国家行政组织法18条）
• 法务大臣秘书官

• 大臣官房（政令2条1项）
  • 审议官（政令12条1项）（6人）
  • 参事官（政令13条1项）（6人）
  • 秘书课（政令14条1项）
  • 人事课
  • 会计课
  • 设施课
  • 厚生管理官
  • 司法法制部（政令14条2项）
    • 参事官（政令13条1项）（2人）
    • 司法法制课（政令13条2项）
    • 审查监督课
• 民事局
  • 参事官（政令13条1项）（5人）
  • 总务课（政令22条）
  • 民事一课
  • 民事二课
  • 商事课
  • 民事法制管理官
• 刑事局
  • 参事官（政令13条1项）（4人）
  • 总务课（政令28条）
  • 国际课
  • 刑事课
  • 公安课
  • 刑事法制管理官
• 矫正局
  • 参事官（政令13条1项）
  • 总务课（政令34条）
  • 成人矫正课
  • 少年矫正课
  • 矫正医疗管理官
• 保护局
  • 参事官（政令13条1项）
  • 总务课（政令39条）
  • 更生保护振兴课
  • 观察课
• 人权拥护局
  • 参事官（政令13条1项）
  • 总务课（政令43条）
  • 调查救济课
  • 人権启发课
• 讼务局
  • 参事官（政令13条1项）（2人）
  • 讼务企划课（政令47条）
  • 民事讼务课
  • 行政讼务课
  • 租税讼务课
  • 讼务支持管理官

• 司法试验委员会（司法试验法，法律5条）
• 检察官适格审查会（检察厅法，法律5条）
• 中央更生保护审查会（更生保护法，法律5条）
• 日本司法支持中心评价委员会（総合法律支持法，法律5条）
• 法制审议会（政令59条）
• 检察官、公证人特别任用等审查会

法务省的设施等机关分为以下七种。

• 刑务所（刑事收容设施及被收容者等处遇相关法律，法律8条）（62）
  • 支所（法律9条2项）
• 少年刑务所（7）
  • 支所
• 拘置所（8）
  • 支所
• 少年院（法律8条）（51）
  • 分院（法律10条2项）
• 少年鉴别所（51）
  • 分所（法律11条2项）
• 妇人补导院
  • 分院（法律12条2项）
• 入国者收容所（3）
• 法务综合研究所（政令62条）
  • 支所（政令63条2项）

除了检事、检察事务官、法务局职员、保护观察官、入国审查官、入国警备官等研修，也负责发展中国家的法律发展。

• 矫正研修所
  • 支所（政令64条2项）

检察厅法规定检察厅为特别机关（法律14条）。检察厅分为最高检察厅、高等检察厅、地方检察厅及区检察厅，分别对应最高裁判所、高等裁判所、地方裁判所及简易裁判所（检察厅法2条1项）。

• 最高检察厅（检察厅法1条2项）
• 高等检察厅（8）
  • 支部（检察厅法2条4项）（6）
• 地方检察厅（50）
  • 支部（检察厅法2条4项）（203）
• 区检察厅（438）

• 东京高等检察厅
• 大阪高等检察厅
• 名古屋高等检察厅
• 広岛高等检察厅
• 福冈高等检察厅
• 仙台高等检察厅
• 札幌高等检察厅
• 高松高等检察厅

法务省的地方支分部局有以下六种。

• 矫正管区（法律15条）（8） - 一部（政令66条1项）、二部、三部
• 地方更生保护委员会（8） - 事务局（更生保护法20条1项）
• 法务局（8） - 讼务部（政令69条1项）、民事行政部、人权拥护部、支局（法律19条）、出张所（法律20条）
• 地方法务局（42） - 支局、出张所
• 地方入国管理局（8） - 支局（法律22条）、出张所（法律23条）
• 保护观察所（50） - 支部（法律25条）

• 札幌矫正管区（政令65条）
• 仙台矫正管区
• 东京矫正管区
• 名古屋矫正管区
• 大阪矫正管区
• 广岛矫正管区
• 高松矫正管区
• 福冈矫正管区

• 北海道地方更生保护委员会（政令67条）
• 东北地方更生保护委员会
• 关东地方更生保护委员会
• 中部地方更生保护委员会
• 近畿地方更生保护委员会
• 中国地方更生保护委员会
• 四国地方更生保护委员会
• 九州地方更生保护委员会

• 札幌法务局（政令68条）
• 仙台法务局
• 东京法务局
• 名古屋法务局
• 大阪法务局
• 广岛法务局
• 高松法务局
• 福冈法务局

• 出入国在留管理厅（原入国管理局）
  • 总务课
  • 政策课
  • 出入国管理部
  • 在留管理支持部
  • 入国者収容所（2）
  • 地方出入国在留管理局（8） - 支局、出张所
• 公安审查委员会（国家行政组织法、公安审查委员会设置法，法律26条）
  • 事务局（公安审查委员会设置法14条）
• 公安调查厅（国家行政组织法、公安调查厅设置法，法律26条）
  • 总务部（政令77条）
  • 调查一部
  • 调查二部
  • 公安调查厅研修所（政令83条）
  • 公安调查局（政令84条）（8）

• 法律专业人士活动领域扩大专家恳谈会[4]
  • 企业法律专业人士活动领域扩大分科会
  • 国、自治体、福祉等领域法律专业人士活动领域扩大分科会
  • 法律专业人士海外展开分科会
• 法律专业养成制度改革连络协议会
• 外国律师制度研究会
• 成年年龄下调环境整备相关府省厅连络会议
• 年轻人刑事法制研究会
• 法律教育推进协议会
• 「国民之声」聆听会议
• 出入国管理政策恳谈会

2017年7月1日的法务省一般职在职人数有5万1,256人[6]。分别为本省4万7,067人（其中女性9,385人）、公安审查委员会4人（其中女性0人）、公安调查厅1,490人（其中女性210人）、检察官2,695人。依据2017年的一般职国家公务员在职状况统计表（平成29年7月1日），没有女性检察官。但从内阁府男女共同参与局的数据[7]，2017年3月31日的检察官总数有2,701人（其中女性479人）。

依行政机关定员令，法务省员额包含特别职1人在内共有5万3405人(平成30年9月30日以前为5万3,430人，平成30年10月1日至平成30年12月31日为5万3,419人）[1]。其中1万1,809人(平成30年12月31日以前为1万1,823人）为检察厅职员员额。本省、各外局别员额由省令法务省定员规则规定，本省为5万1780人(平成30年9月30日以前为5万1,794人，平成30年10月1日至平成30年12月31日为5万1,805人），其中检察厅为1万1809人(平成30年12月31日以前为1万1,823人），公安审查委员会4人（事务局），公安调查厅1621人[8]。

然而，法务省有许多不在员额内的非专任职员在职。2013年7月1日的非专任职员有5万7,894人[9]，占国家行政机关非专任职员（14万7,795人）约四成左右。其中，管理更生保护志工的保护司就有4万8,515人。此外，委员顾问等职员有3,880人，仅次于厚生劳动省（6,940人）。接着，事务补助职员有3,307人，技能职员有555人，医疗职员有506人，教育职员有370人。教育职员占全国行政机关任用人数的九成。非专任职员中的再任用职员有2,031人。另外，伤病等休职者有159人，育儿等休业者有470人，派外（国际机关、法科大学院、律师职务经验等）者有43人。

法务省职员的采用是通过国家公务员采用综合职试験（研究院毕业者试验）、国家公务员采用综合职试験（大学毕业程度试验）、国家公务员采用一般职试験（大学毕业程度试验）、国家公务员采用一般职试験（高中毕业程度试验）、刑务官采用试验、法务省专门职员（人间科学）采用试验等试验。然而检事的采用则是适用检察厅法，以司法修习生完成修习者为主（检察厅法18条1项）。

法务省与最高裁判所事务总局同样源自于司法省，两方在司法省废止后持续举行人事交流「判检交流」[10]，但也被批评检察方与法院方不应有过多联系[11][12]，日弁连还要求废除指定代理人制度[13]。因此，为了确保职务的公正[12][14]，民事部门开始缩小交流规模，刑事部门则在2012年4月停止人事交流[12]。

法务省职员为一般职国家公务员，俸给适用一般职俸给法。然而，检察官是适用检察官俸给法，检事总长、次长检事及检事长则是适用特别职俸给法，检事及副检事则设有以一般职俸给法规定为基础的俸给制度。俸给表虽然适用基本的行政职俸给表（一）与指定职俸给表，但依人事院规则九―二之规定，入国者收容所及地方入国管理局的入国警备官（4条2号）与刑务所、少年刑务所、拘置所或矫正管区之值勤者，以及矫正研修所支所的值勤教头及教官（4条3号），适用公安职俸给表（一）。而检察事务官及公安调查官（5条1号）与少年院、少年鉴别所或妇人补导院之值勤者（5条2号）则适用公安职俸给表（二），检察官适用检察官俸给法2条规定之俸给表。平成30年度预算员额以公安职俸给表（一）的2万437人最多，其次是行政职俸给表（一）的1万5,198人、公安职俸给表（二）的1万3,735人、检察官的2,767人。由于矫正设施与更生保护设施也负责被收容者的矫正医疗，法务省与厚生劳动省一样有大量的医疗从事者，因此适用医疗职俸给表（一）的人数有331人、医疗职俸给表（二）有163人、医疗职俸给表（三）有441人。

劳动基本权中的争议权与团体协约缔结权不受国家公务员法认可。由于具有团结权，职员可依国公法规定自由成立或加入劳动组合「职员团体」（国公法第108条之2第3项）。但是，刑事设施值勤职员没有团结权，自由成立或加入劳动组合（国公法108条之2第5项）。

2018年3月31日现在，人事院登录的职员团体有一个单一体、30个支部[15]，人数4,972人。主要职员团体为全法务省劳动组合（全法务），是国公劳连（全労连系）加盟成员。

2007年度新司法试験考察委员庆应义塾大学法科大学院教授植村荣治向学生提供类题讲义而遭到解职，然而司法试验委员会调查以影响不明为由未做任何纠正措施。然而，难题之一的行政法第18题，庆大生答对率比其他学生高5%以上[19]，庆大合格率也从前年9位上升至3位。

2015年度司法试験，明治大学法科大学院教授青柳幸一将试题泄漏给同大学法科大学院出身的女性受验者。同年5月，东京地检特捜部以违反国家公务员法（守秘义务）提告，同时法务省解任其考查委员职务[20]。

然而，法务省并未对其他明大法科大学院生进行调查[21]。