大在站

設有以鋼板搭建而成的單層站房一座，為第三代站房，於於2005年重建而成，樓面面積約70平方米，屋頂採用波浪設計，窗戶外側加上以六角形框架及以橫向木條所砌成的圓形設計[3]。此站可以使用「SUGOCA」IC卡，以及可以與SUGOCA互相使用的交通系IC卡。亦可在窗口購買SUGOCA[4]及。中央為通道，左側設有自動售票機及附設綠色窗口的售票窗口，右側為設有自助增值機的候車室及洗手間，中央為全開放式閘口，並設有出、入閘專用的IC卡感應器，進站後即可直接到達側式月台，或沿樓梯或升降機到達島式月台。因應車站每日使用量超過二千人，JR九州於2020年6月開展車站改善工程[5]，包括興建新的有蓋行人天橋、加裝兩部升降機、加設供視障人士使用的引路徑及洗手間改裝等工程[6]，2021年3月31日，相關工程完成[7]，原有的舊行人天橋亦繼而拆除。

此外，當初JR九州於2018年3月17日打算在牧站至幸崎站之間引入車站遠程資訊系統「ANSWER」，並成為無人車站[8][9][10]。但直至現在為止，有關安排仍未有落實的時間表。

舊站房

第二代站房（2003年10月）

第二代站房為木建單層式站房，採用國鐵時代常見的郊區式站房設計[11][12]。中間為車站入口，左側為站務室、售票窗口及閘口，右側為候車室。

• 1924年11月25日：鐵道省開設此站[3]。
• 1943年：第二代車站大樓重建[3]。
• 1987年4月1日：隨國鐵分割民營化，車站由九州旅客鐵道（JR九州）營運。
• 1998年9月14日：從車站沿月台前往西邊平交道的通道開始使用[13]。
• 2003年2月1日：1號月台成為一線通過結構。
• 2005年：

• 3月13日：第三代車站大樓重建，開始使用[3]。
• 3月21日：南北公眾通道的天橋落成，開始使用[3]。

• 2009年3月14日：特急「音速」開始停此站，設有2往返班次停站。
• 2012年12月1日：此站可以使用IC卡「SUGOCA」[14]。
• 2018年3月17日：特急「音速」只剩下1往返班次，替而代之為上行1班「日輪」（從佐伯出發前往大分）。　
• 2021年3月：新跨線天橋及兩部升降機啟用。

以下是近年乘車人次列表[15][16]：

站北邊

• 的士站。乘坐5分鐘即可到達大分醫療中心（舊國立大分醫院）
• 在站前迴旋路左邊設有住吉神社[1]，該處設元古墳與安置了出土石棺。
• 大分巴士「大在站前」巴士站，設有大分、佐賀關線路線。巴士站位於站前廣場步行2分鐘的大分銀行前。
• 大分市政廳大在分所（步行約2分鐘）
• 大在郵局
• 大分銀行大在分店
• 豐和銀行大在分店
• 大分未來信用金庫大在分店
• 天然溫泉 酒店Topaz大在站前

站南邊

• 國道197號。與路線並行的國道。
• 在鄰區坂之市的山丘上設有日本文理大學[13]，也設有學生宿舍。與大分縣內鄰近大學車站大分大學前站與別府大學站不同，此站不使用大學作為車站名稱，但是此站最接近日本文理大學的車站。另外，在站前設有校巴來往校區。

九州旅客鐵道

■日豐本線

• 特急「音速」停車站
• 部分特急「日輪」停車站。

鶴崎－大在－坂之市

• JR九州大在站 （页面存档备份，存于）

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