全明星運動會

由於第17集內的節目片尾及第18集前的臉書發文，讓許多觀眾以為第18集就會進入第二季，但實際的播出內容卻是在回顧第一季（只有最後三分鐘才是和第二季有關），導致失望的粉絲湧入臉書粉專留言抱怨。面對突如其來的大量抱怨，粉專隨即發出聲明：「相信第二季名單大家都很期待，但礙於錄音加上後製需要時間，請粉絲們有點耐心等待新作品，我們也會盡量在近期公布名單。至於一直謾罵狂酸的網路朋友，等一下就跟這個粉專說拜拜吧」，隨後開始刪除粉絲留言並封鎖。但該聲明發佈後不久便被刪除。[28]

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2021年4月14日，藍隊女隊員采子被爆出與紅隊男隊員何孟遠過從甚密，成為介入何孟遠與荳荳感情第三者疑雲，被網民要求退賽；節目方回應指會讓二人自行處理私人關係，不會主動要求藝人退賽。[56]

次日下午，采子發表道歉聲明，指與何孟遠非情侶關係，並上載母親與男方對話內容，惟持續遭到抨擊；何孟遠亦發表道歉聲明。當晚，何紫妍在Instagram發文指控采子和何孟遠的陳述為虛假後，采子發表另一道歉聲明，並單方面宣布退出節目[35]；節目方表遺憾，並表示未收到經紀公司通知[57]，惟當晚臺北時間凌晨時分采子所屬經紀公司原音兄弟亦宣布采子違約，即時終止與采子的合約關係。[58]何孟遠則於16日宣布退出全明星運動會。[36]其後采子再被前經紀公司原音兄弟老闆張暐弘爆出其早與另一老闆邱鋒澤交往，再度引起爭議；全明星運動會節目方將於日後公佈二人的替補人選。[59]

全明星運動會節目方於24日中午公佈采子、何孟遠的替補人選，紅隊為蔡昌憲、藍隊為雷艾美。[60]

《全明星運動會》第三季開播以來，多次出現疑因比賽裁判判決不公而引發網路爭論的情況。第八集的桌球項目中，藍隊的林穎樂被桌球專業的紅隊領隊江宏傑指出發球手勢不合規，向裁判抗議無效； 在第九集的鉛球項目中，藍隊的田依甯和賀軍翔再被紅隊質疑姿勢違例，但裁判仍然判定沒有違例。[81] 以上事件被拿出跟第四集空氣手槍裁判採納藍隊領隊對紅隊違例的爭議比較，製作單位被指存在偏幫藍隊，藍隊領隊錢薇娟亦被指對兩隊違規的情況存在雙重標準，該季節目的裁判判決的公正性亦受到網民質疑。[82]。

本季因全新賽制，三隊將先進行例行賽，例行賽積分最高的隊伍將直接晉級冠軍賽；積分2、3名的隊伍將再進行資格賽爭取冠軍賽門票；最後再透過冠軍賽決選出本季總冠軍。