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2009年7月24日，「先驱媒体社会企业股份有限公司」以新闻出版业向主管机关注册成立，创业时营运团队主要由《台湾日报》末代董事长颜文闩时代的员工组成。创办人兼首任董事长是前《台湾日报》总主笔苏正平，首任总制作是前《台湾日报》总编辑庄丰嘉，首位政治记者是前《台湾日报》政治中心副主任林朝亿（也是「台湾日报员工自救会」会长，台湾意识鲜明）。

2009年9月1日，时值中华民国记者节，新头壳上线。

2015年，庄丰嘉在facebook宣布从新头壳离职。

2016年11月30日，前新头壳总顾问胡元辉证实，上星期新头壳召开股东会，决定停止营运。胡元辉表示，新头壳资本额还算足够，新头壳关门并非外界传言「钱烧光了」，而是找不到永续经营的商业模式：以台湾的网络环境，独立媒体无法靠网络广告支持营运，新头壳这几年想找多元营收的方式维持营运却无法达成目标[4]。同年12月1日，《镜周刊》报导，新头壳创办人兼董事长苏正平表示，考量未来几年媒体环境可能不会改善，新头壳董事会及股东会决议2016年年底停止营运[5]。

2016年12月15日，新头壳发出公告，新头壳原经营团队在2016年11月时认为以现有经营条件，未来发展有若干关键瓶颈难以突破，遂决定于2016年度终了时停止营运；但消息传出后各界纷纷感到惋惜，更有台湾中部几位殷实本土企业家表明愿意引进资金与技术；经过多次恳谈后已达成共识，决定维持原有的编辑采访团队，继续为读者服务。经双方达成共识后，决定预计2017年2月正式交接。苏正平说，原本他决定在新头壳停止营运以后退休，但既然有本土企业家愿意接手经营新头壳，他会留任并给予协助[6]。

2017年3月28日，上报披露，接手新头壳的公司竞锋国际，董事长赵一葵是台湾中部电竞新贵，代理蓝宝坚尼超级跑车，而且与手机游戏大厂网银国际合作密切；新头壳新经营团队欲请原经营团队留下，但苏正平已婉拒，新头壳即由社会企业转型为独资企业。根据经济部商业司数据，竞锋国际入主以前的新头壳，董事长为苏正平，董事包括自立报系业务体系出身者余怀英、小英教育基金会《想想论坛》主编赖秀如、企业家陈炽成、由中华民国文化部部长郑丽君之夫沈学荣担任董事长的慕哲社会企业等；竞锋国际入主以后的新头壳董事名单，已全部更换为竞锋国际的法人代表[7]。

2017年10月，新头壳推出APP。

2020年2月28日，众报披露，慕哲社会企业曾在2014年8月5日至2017年3月2日投资新头壳，并持股130万股成为第一大股东。众报指出，曾经高居新头壳要职的胡元辉、苏正平、庄丰嘉等人，如今一个个进入隶属中华民国文化部的国营媒体（胡元辉与苏正平时任中央广播电台董事，庄丰嘉时任华视总经理），恐遭外界质疑是政治分肥[8]。