新函馆北斗车站

当北海道新干线正式动工时，本站的命名一直都争论不休。当中所在地的北斗市，时任市长的海老泽顺三曾要求将车站命名为「北斗」[6]，认为车站名称应跟随地名，结果遭到具有中核市地位的邻市函馆市方面大力反对，坚持要求以较为人认识的「新函馆」命名。后来JR北海道及北海道道厅，均以「新函馆」作为暂定名称。

2012年9月及2013年7月，时任北斗市市长高谷寿峰两度约见JR北海道管理层，在命名作让步，建议采用「北斗函馆」命名[7]。北斗市议会亦早于2012年6月通过相关动议[8]，然而这方案仍得不到函馆市支持，时任函馆市市长工藤寿树于2012年10月表示应维持「新函馆」的命名，函馆市议会随后更采取对立决议，通过要求将车站维持为「新函馆」[9][10]。2013年10月，函馆商工会议所会长松本荣一提出以「新函馆北斗」作为折衷命名方案，希望可以化解两市之间的争议[11]。

2014月6月11日，JR北海道社长岛田修正式宣布，以「新函馆北斗」为车站名称，他指出所持的理由是：对于由本州出发的乘客来讲，「函馆」可以帮助理解乘车方向，但是新车站和原有的函馆相距18公里，若只标示「函馆」则会令人有「新干线车站和函馆距离不远」的错觉，因此采取了「新函馆北斗」为最终定名[12]。此举也令这缠扰多年的争拗，终于声明落幕。

在宣布定名当日，NHK新闻随即访问了函馆市及北斗市的居民，以及部份在北海道游览的道外居民意见。函馆市及北斗市的居民对命名上，正、反及中立的意见皆有；不过对于道外居民来讲，几乎一面倒的支持以「新函馆」为名，当中理由包括新的站名绕口难读、「北斗（市）」的知名度不足、甚至有人称往后大家会自动地将站名简化为「新函馆」，因而突显出添加「北斗」是多余的举动。至于两市市长，虽然对结果未感满意，但都指出会配合JR北海道的宣传[13]。

已见外貌的新函馆北斗站舍。摄于2014年3月。

新干线月台及在来线月台均设于地面，而车站大堂则设置于2楼。新干线月台有独立的验票口，亦设有闸机，车站亦由无人站升格为设有站长等职级的直营站。站内设有2个新干线月台及4个在来线月台，而日后当新干线伸延至札幌时，整个站体将会设有3个新干线月台及5个在来线月台。新干线及在来线月台的有效长度同为10辆，而新干线的月台闸门采用了黄色为主调。

由本州方向乘坐新干线的乘客当到站后（通常使用11号月台），只需穿过分隔在来线与新干线月台之间的验票机，便能快速转乘1、2号月台的在来线列车（情况类似在来线特急列车和普通列车转换），而不需要像目前一般新干线车站的转驳，需通过一般是设置在车站大厅处的验票闸门才能进行转乘[14]。

由于新干线车站与函馆站相距18公里，JR北海道增设了快速列车来往函馆及新函馆北斗间，并采取九州新干线全线通车前新八代的同月台转乘作法，利用函馆本线接驳旅客前往函馆市区。最初列车命名为「Access」，2014年11月，公布将采用最新型的733系1000番台电联车行走，并安排4列3辆编成的列车行走此路段[15]，并进行列车名称召募活动[16]，2015年2月12日正式公布列车名称为「函馆liner」（）[17][18]。并于12月18日公布正式时间表[19]，每天对开16班列车，当中部份为快速班次，只停靠函馆、五棱郭及新函馆北斗三站 。另外，来往札幌的特急「北斗」也随新干线开通时加停本站[19]，区间车方面，除了下午一班外，其余的亦由七饭站伸延至本站，至于过往部份班次取道藤城支线来往大沼站的安排亦于当日起取消。

车站的四周原本以农地居多，人口稀少，配合新干线车站的建设，车站南侧已在进行大面积的开发计划[20]，当中位于站前广场的多功能公园将近完成。

月台配置

新干线月台

月台	路线	目的地
11、12	北海道新干线	新青森、盛冈、仙台、东京、金泽(预留)、敦贺(预留)方向(目前仅第11月台提供载客服务,第12月台目前为回送月台，未来延伸段通车后为往札幌方向)
13		本站折返发车往札幌方向专用月台（预留,未供用）

旧渡岛大野站

渡岛大野站临时站房，摄于2012年5月。

渡岛大野旧站房，因应兴建北海道新干线新函馆北斗的工程，已于2012年拆除。

为兴建新干线站舍，原来以木搭建的第1代站舍已于2012年被拆卸，并改以金属组合屋作为临时站舍。

原来的月台配置为侧式月台及岛式月台各1座，其中侧式月台与现时1号月台相连接；旧岛式月台则与新岛式月台则有数十米的相距，月台间以架空行人天桥所连接。而侧式月台及和岛式月台中间，另设有路轨1条，可供不靠站的特急列车通过之用，但随着加建供电网，有关的路轨亦已被拆去。而原有的月台，暂时亦获得保留，但旧有的行人天桥也已被拆去。

北海道旅客铁道（JR北海道）

北海道新干线（札幌方向未通车）

木古内－新函馆北斗（－新八云（临时名称））

■函馆本线（本线）

※特急「北斗」的相邻停车站参见列车条目。

快速「函馆Liner」

五棱郭（H74）－新函馆北斗（H70）

普通（包括普通「函馆Liner」）

七饭（H71）－新函馆北斗（H70）－仁山（H69）