吴思瑶

2015年，悠游卡公司开放预购一万五千套波多野结衣悠游卡，却遭到台北市议员高嘉瑜爆料三千套卡被预留做为公关卡，高达五分之一发行量被「暗杠」，根本是黑箱作业。高嘉瑜表示，「波卡」在网络已被哄擡至上万元，这有利益输送之嫌，并要求公布公关名单及标准，不应让公关卡成为悠游卡公司笼络特定对象，或假公济私的工具[17][18]。

悠游卡公司公布公关卡名单，共有18名议员以问政名义索资74套，其中以吴思瑶一人索取高达20套最多，引发质疑滥用特权[19][20]。对此，吴思瑶在脸书表示，是她的助理为问政备存数据，自行向市府索资，她一向授权办公室同仁进行问政准备工作，单纯是助理个人的行为[21]。

2019年11月16日，立法院审查时代力量的提案时，吴思瑶被发现私自替不在场的同党立委张廖万坚、张宏陆及林俊宪代按电子表决器，等同一个人投了4票否决该提案，遭到批评是作弊、偷渡行为[22]。吴思瑶坦承有疏失，但强调四位立委当时都在在立法院，只是暂时离开座位，并认为自己代按表决器投票的行为并无不当[23]。

但早在2016年，时任立法院院长苏嘉全就曾公开表示「表决器不可代按」[24]，吴思瑶的言论也遭到公民监督国会联盟强烈谴责[25]。

2023年6月3日，吴思瑶被国民党台北市议员张斯纲指控曾护航、阻止性骚扰受害者报案。吴思瑶发文严正驳斥此为污蔑行为，表示不要为了选举消费受害者[26][27][28]。

台北市政府警察局证实，2007年5月8日该被害女性党工向北投分局报案，经调查后确认性骚扰事件成立。对此，吴思瑶在脸书回应「协助受害者，我也许做得不够，我为此深深感到抱歉，我也对受害人长久以来的伤痛感到不舍」，同时否认有阻挠报案，并呼吁大家「切莫消费受害者，拿性平事件作为政治攻讦的工具。」[29][30]