南村万博站

7号线车站共设有三层，地下一层为地下商业中心；地下二层为站厅，并与换乘通道相连；地下三层为7号线站台。

地下一层		地下商业中心
地下二层	7号线站廳	售票機、客服中心、商店、警务室、安检设施 经上层換乘通道前往 18号线（未启用）
地下三层	2 站台	7号线 美的大道方向（下站：汉溪长隆）
	岛式站台（卫生间）；经下层換乘通道前往 18号线
	1 站台	7号线 燕山方向（下站：员岗）

18号线车站共设有五层，地下一层为上层換乘通道；地下二层为下层换乘通道；地下三层为站厅；地下四层为缓冲平台及设备区；地下五层为18号线站台。

地下一层	上层換乘通道	前往 7号线 站厅（未启用）
地下二层	下层換乘通道	前往 7号线 站台
	緩衝平台	来往地下商业中心和站厅
地下三层	18号线站廳	售票機、客服中心、警务室、安检设施 通往两层换乘通道
地下四层	緩衝平台	來往站廳和月台
	设备区	车站设备
地下五层		18号线 越行路軌
	3 站台	18号线 冼村方向（下站：沙溪）
	岛式站台（卫生间、母婴室）
	4 站台	18号线 万顷沙方向（下站：番禺广场）
		18号线 越行路軌

7号线站厅

位于7号线站厅的文化艺术墙

18号线站厅

南村万博站7号线及18号线各自設有一個站厅，其中7号线部分位于地下二層，18号线部分位于地下三層。站厅主要设有售票机、客服中心等设施。亦设有便利店、面包糕饼店、自动售卖机、自动照相机以及好易自助服务机。

为方便乘客进出以及换乘需要，7号线站厅北侧，18号线站厅中央南侧被划分为付费区。7号线站厅付费区内设有多组扶手电梯、1台专用电梯以及1組楼梯连接7号线站台。18号线站厅付费区内设有多组扶手电梯、专用电梯以及楼梯连接18号线站台，其中南侧往站厅的扶手电梯因连接缓冲平台需分为两段连接。

本站作為7號線首期三個文化站之一，7号线站廳層設有以「雅·筑」為主題的文化藝術牆，主要內容为南村镇历史悠久的建筑，以及各种古式家具，体现了岭南水乡中的建筑文化[3]。

换乘通道

位于7号线站台西端的换乘口

兩線通過地下二层的付费区通道換乘，由于7號線车站与18號線車站相距较远，因此通道内设有4条自动人行道。而通道两端设有多条扶手电梯及楼梯，连接两线的各自站厅和站台。

受车站设计所限，从7号线站厅或者从18号线站台前往换乘通道时，均需要乘搭扶梯至另一楼层后再换乘另一部扶梯以到达相关位置。此外，因地下一层的商业中心及其换乘通道仍在施工，乘客目前从7号线车站前往18号线车站均需要绕经7号线站台，至西端的换乘通道口前往18号线车站。

1号月台

3号月台

本站7号线和18号线各自设有一个岛式月台，7号线站台位于汉溪大道东萬博一路口和萬博二路口之間的地底，18号线站台位于番禺大道东侧的地底，其中7号线在上层，18号线在下层。

本站的卫生间设于7号线站台东端以及18号线站台北端，而18号线站台卫生间旁同时设有母婴室。

另外，本站作為18號線的快慢車越行站，因此設有四條路軌，內側兩條路軌供慢車停靠使用，並設有島式月台供乘客上下車；外側兩條路軌則專供快車使用，在本站越過慢車，沒有設置任何上下車設施。同時內側和外側路軌之間以牆壁分隔，屆時乘客在月台上並不會看見快車越過本站的情景。

1号月台全景图

4号月台全景图

南村万博站目前设有7个出入口供乘客进出，分别分布于7号线站厅和18号线站厅。

在7号线开通本站时共设有A、B出入口，后来在站厅南侧設有一個無編號出入口通往番禺天河城地库。18号线车站启用后，本站新增C、D、E1、E2、G出入口。

編號	设施	照片	出口指示	建議前往的目的地
7号线站廳
A			漢溪大道東	万博一路、番禺天河城
B			漢溪大道東	万博二路、四海城、万达广场公交总站、地铁南村万博站公交车站
18号线站廳
C			汉溪大道东	万博一路、万博中心公交车站（北行）
D			番禺大道北	天河城奥莱万博店、南大路口公交车站（北行）
E1			汉溪大道东	番禺大道北、万博中心公交车站（南行）、锦绣香江公交车站（西行）
E2			汉溪大道东	番禺大道北、地铁南村万博站（番禺大道）公交车站、锦绣香江公交车站（西行）
F				（預留出口）
G			番禺大道北	万博中心公交车站（北行）
註︰ 設有 |  設有 |  設有 |  設有扶手電梯

佛山地鐵4號線規劃未來二期段延伸進入番禺區，並以南村萬博站為終點站[12]。惟佛山4號線二期為遠期規劃，詳情現時並未明朗。