Pfam

Pfam是一个蛋白质家族数据库。此数据库会利用隐马尔可夫模型进行多重串行比对以及加上蛋白脚注[1][2][3]。

Pfam
内容
有机体全部
相关信息
研究中心WTSI
访问入口
数据格式Stockholm format
网站Pfam
下载地址Pfam ftp Pfam ftp
工具
其他
许可GNU宽通用公共许可证
可否列为书签yes

特色

Pfam中所登录的每一个蛋白质家族可以：

  • 查找多重串行比对
  • 查看蛋白质主要结构
  • 查看物种演化树
  • 链接其他数据库
  • 查看已知的蛋白质结构

Pfam内的蛋白质家族描述由维基百科用户管理。

Pfam的最新版本是「Pfam 34.0」（2021年3月，共计19,179个家族）[4]

参见
  • TrEMBL Database performing an automated protein sequence annotation
  • InterPro Integration of protein domain and protein family databases
  • PDBfam（页面存档备份，存于） — thorough assignment of Pfam domains to sequences in the Protein Data Bank (PDB)[5][6]

参考文献
  1. Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A. . Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D281–8. PMC 2238907 可免费查阅. PMID 18039703. doi:10.1093/nar/gkm960.
  2. Robert D. Finn, Jaina Mistry, Benjamin Schuster-Böckler, Sam Griffiths-Jones, Volker Hollich, Timo Lassmann, Simon Moxon, Mhairi Marshall, Ajay Khanna, Richard Durbin, Sean R. Eddy, Erik L. L. Sonnhammer, Alex Bateman. . Nucleic Acids Research. 2006-01-01, 34 (Database issue): D247–251 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 1347511 可免费查阅. PMID 16381856. doi:10.1093/nar/gkj149. （原始内容存档于2019-10-16）.
  3. Alex Bateman, Lachlan Coin, Richard Durbin, Robert D. Finn, Volker Hollich, Sam Griffiths-Jones, Ajay Khanna, Mhairi Marshall, Simon Moxon, Erik L. L. Sonnhammer, David J. Studholme, Corin Yeats, Sean R. Eddy. . Nucleic Acids Research. 2004-01-01, 32 (Database issue): D138–141 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 308855 可免费查阅. PMID 14681378. doi:10.1093/nar/gkh121. （原始内容存档于2019-03-28）.
  4. . Sanger. [2012-01-12].
  5. Dunbrack, Roland. . PDBfam. Fox Chase Cancer Center. [9 March 2013]. （原始内容存档于2015-10-01）.
  6. Xu, Qifang; Dunbrack, Roland. . Bioinformatics. 2012, 28 (21): 2763–72. PMC 3476341 可免费查阅. PMID 22942020. doi:10.1093/bioinformatics/bts533.

外部链接
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