多重串行比对

多重串行比对（Multiple sequence alignment；MSA）是对三个以上的生物学串行（biological sequence），如蛋白质串行、DNA串行或RNA串行所作的串行比对。一般来说，是输入一组假定拥有演化关系的串行。从MSA的结果可推导出串行的同源性，而种系发生关系也可引导出这些串行共同的演化始祖。如右图般的可视化叙述可描绘出各种突变事件，例如点突变的单格变化，或是如删除突变与插入突变，可使各个串行之间产生鸿沟。MSA常用来研究串行的保守性，或是蛋白质结构域的三级结构与二级结构，甚至是个别的氨基酸或核苷酸。

电脑程序ClustalW，以多个生物个体的酸性核糖体蛋白P0（acidic ribosomal protein P0；L10E）的前90个位置所作的多重串行比对。