B3结构域

B3 DNA结合结构域（英語：）是一些转录因子中的高度保守的DNA结合结构域（DNA-binding domain，DBD）在超过40个物种（Pfam PF02362）中发现，与其它结构域一起（IPR003340）执行转录因子的功能。B3结构域的一级结构为100-120个氨基酸残基，二级结构为七个β折叠和两个α螺旋，三级结构为假棒状（pseudobarrel，Template:SCOP），从DNA结构的大沟处结合DNA分子[1]。

B3 DNA binding domain
RAV1的B3 DNA结合结构域
鑑定
標誌B3_domain
PfamPF02362（旧版）
InterProIPR003340
PROSITEPS50863
SCOP1wid / SUPFAM
CDDcd10017

B3 蛋白家族

在拟南芥（Arabidopsis thaliana）中，有三个主要的转录因子家族带有B3结构域[2]：

  • ARF（Auxin Response Factors）
  • ABI3（ABscisic acid Insensitive3）
  • RAV（Related to ABI3/VP1）
蛋白 ARF1-B3 ABI3-B3 RAV1-B3
B3 结构鉴定 分子建模[1] 分子建模[1] NMR[1]
B3 识别序列 TGTCTC[3][4] CATGCA[5][6] CACCTG[7]

PDB 1WID[1]和PDB 1YEL[8]是最早通过NMR解析过溶液状态的B3结构域的结构

相关蛋白

限制性内切酶EcoRII的N端结构域，BfiI的C端结构域有和B3结构域类似的假棒状三级结构[9][10]。

参考文献
  1. Yamasaki K, Kigawa T, Inoue M, Tateno M, Yamasaki T, Yabuki T, Aoki M, Seki E, Matsuda T, Tomo Y, Hayami N, Terada T, Shirouzu M, Osanai T, Tanaka A, Seki M, Shinozaki K, Yokoyama S. . Plant Cell. 2004, 16 (12): 3448–59. PMC 535885 可免费查阅. PMID 15548737. doi:10.1105/tpc.104.026112.
  2. Riechmann JL, Heard J, Martin G, Reuber L, Jiang C, Keddie J, Adam L, Pineda O, Ratcliffe OJ, Samaha RR, Creelman R, Pilgrim M, Broun P, Zhang JZ, Ghandehari D, Sherman BK, Yu G. . Science. 2000, 290 (5499): 2105–10. Bibcode:2000Sci...290.2105R. PMID 11118137. doi:10.1126/science.290.5499.2105.
  3. Ulmasov T, Hagen G, Guilfoyle TJ. . Science. 1997, 276 (5320): 1865–8. PMID 9188533. doi:10.1126/science.276.5320.1865.
  4. Tiwari SB, Hagen G, Guilfoyle TJ. . Plant Cell. 2003, 15 (2): 533–43. PMC 141219 可免费查阅. PMID 12566590. doi:10.1105/tpc.008417.
  5. Suzuki M, Kao CY, McCarty DR. . Plant Cell. 1997, 9 (5): 799–807. PMC 156957 可免费查阅. PMID 9165754. doi:10.1105/tpc.9.5.799.
  6. Ezcurra I, Wycliffe P, Nehlin L, Ellerström M, Rask L. . Plant J. 2000, 24 (1): 57–66. PMID 11029704. doi:10.1046/j.1365-313x.2000.00857.x.
  7. Kagaya Y, Ohmiya K, Hattori T. . Nucleic Acids Res. 1999, 27 (2): 470–8. PMC 148202 可免费查阅. PMID 9862967. doi:10.1093/nar/27.2.470.
  8. Waltner, J.K.; Peterson, F.C.; Lytle, B.L.; Volkman, B.F. . Protein Sci. 2005, 14 (9): 2478–83. PMC 2253459 可免费查阅. PMID 16081658. doi:10.1110/ps.051606305.
  9. Zhou XE, Wang Y, Reuter M, Mücke M, Krüger DH, Meehan EJ, Chen L. . J. Mol. Biol. 2004, 335 (1): 307–19. PMID 14659759. doi:10.1016/j.jmb.2003.10.030.
  10. Grazulis S, Manakova E, Roessle M, Bochtler M, Tamulaitiene G, Huber R, Siksnys V. (PDF). Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102 (44): 15797–802 [2020-12-03]. Bibcode:2005PNAS..10215797G. PMC 1266039 可免费查阅. PMID 16247004. doi:10.1073/pnas.0507949102. （原始内容存档 (PDF)于2017-09-22）.
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