萩野站

木建站房一座，左半部份为已停用的站务室及原JR货物办事处，中央部份为信道，连接入口及开放式闸口；右侧前端为候车大堂，后端为洗手间。2014年进行了翻新及改建工程，玄关前的楼梯加设了上盖，并以金属框架及玻璃加建了趟门及外壁。由于本站全为岛式月台，通过闸口后，须转右步行约30米，再沿行人天桥通往各月台，为免乘客误入路轨，在闸口前兴建了一列达顶的穿空式围板，沿路亦加装了高身栏杆。

岛式月台2个，共可提供2面4线的配置，内侧的岛式月台长约140米，有效长度为7辆；外侧岛式月台长约130米，有效长度为6辆。1、2号月台座落于主线道上；3、4号月台则在侧在线。

名义上共总有4个月台，但一直以来，位于外侧岛式月台外侧的4号月台并没有标示，亦没有客运列车停靠或通过，事实上，外侧月台的宽度都比内侧的岛式月台为窄。而在外侧岛式月台外另有4条侧线，是过往JR货物列车的侧线及暂时避车处。过往，当由北吉原站驶进的列车，会先驶入侧线进入3号或4号月台，获得指示后便沿侧线路段离开月台，到达转辙器后便倒驶进入货车侧线停靠，重新并结后便由侧线驶入专用线前往日本制纸工场，相反亦然。货物线停驶后，车站内及附近沿途的侧线侧仍然保留，外侧岛式月台方面，靠近站房的3号月台仍然使用中，但靠近侧线的4号月台侧不再使用。在缺乏打理下，4号月台及侧在线的路轨现时均长满了杂草，甚至有乔木在路碴上生长。