花椰菜嵌紋病毒

花椰菜嵌紋病毒的基因組示意圖

花椰菜嵌紋病毒的顆粒為正二十面體，直徑約52奈米[5][6]；基因組為環狀雙股DNA，長約8kb，可轉錄產生35S與19S兩種mRNA，前者包含6至8個開放閱讀框[7][8][9]，後者則只有1個開放閱讀框（ORF VI），編碼TAV蛋白。35S RNA轉譯起始時會發生核糖體分流，即核糖體跳過前方二級結構，直接跳至開放閱讀框的起始密碼子開始轉譯[10]；另外TAV蛋白可與轉譯中的核糖體和eIF3結合，核糖體轉譯完35S RNA上的一個開放閱讀框後，再度開始轉譯下一個開放閱讀框[11]。

許多易感植物可以miRNA和siRNA等小RNA與AGO等蛋白結合，抑制此病毒的感染，病毒基因組前端的非編碼區的RNA則可被Dicer切割產生大量小RNA，可與植物體抗病毒的miRNA和siRNA競爭結合AGO蛋白，而前端非編碼區衍生的小RNA雖也可引導AGO蛋白至病毒35S RNA的對應區域，卻因該區二級結構複雜而難以結合，進而達成抑制宿主抗病毒反應的效果[12]。

許多轉基因作物皆是使用花椰菜嵌紋病毒35S RNA的啟動子來表現外加的基因，有人擔憂其與人類DNA重組後可能影響人體基因表現，又因此啟動子序列與ORF VI重疊，也有人質疑其可能在作物中表現病毒蛋白[13]，但實驗結果顯示病毒啟動子與人類DNA重組在正常條件下發生的機率極低，且此啟動子無法在哺乳動物細胞中表現蛋白[3]。