D环

1971年，加州理工学院的研究人员发现，生长中的细胞的线粒体中的环形DNA中有一种不长的三链结构，他们把这种结构叫做「置换环」（displacement loop）[1]。他们同时发现多出的第三条链的碱基串行和重链上对应碱基串行相同，并与轻链以氢键结合，而将原先的重链「推到了一边」。之后，又发现第三条链为DNA拷贝过程产生的第一段与轻链互补的DNA链，且在合成完成后这种状态通常会维持一段时间[2]。

D环结构通常出现在线粒体DNA上的主要非编码区域。这一区域通常称为控制区域或D环区域。

线粒体DNA可以两种方式进行拷贝，这两种方式在初始阶段都会出现D环[3]。第一种方式会先一次性合成与轻链互补的DNA链的大部分（比如2/3），然后与重链互补的DNA链的合成才会开始。而在另外一种稍后被发现的途径中，DNA拷贝会起始于位置（和上一种方式）不同的一个D环结构，并同时进行两条DNA链的合成[3][4]。

D环中的某些串行保守，但高度可变的串行长度更长。另外，已证明D环结构对脊椎动物的进化史的研究有助益[5]。有趣的是，含有启动子（使转录启动的DNA串行）的区域紧邻与DNA拷贝起始密切相关的D环结构区域[6]。进行与肿瘤相关的研究的研究者对形成D环的串行也很感兴趣[7]。

D环结构的功能至2007年尚不清楚，但该年的文章认为它参与了线粒体中拟核结构的组织[8][9]。

1999年，研究人员发现位于染色体末端的端粒的末端中有一个套索状的结构。研究人员将之称为T环（T-loop）[10]。T环结构中，原本互补的两条DNA链被其中一条末尾为3'端的链分离，并形成D环结构。一种特殊的蛋白质维持了该结构的稳定。T环结构使得染色体末端能不被破坏[11]。

当一个双链DNA分子的某一区域的两条DNA链都遭到破坏的时候，二倍体真核细胞就会启动一种称为「同源重组修复」的机制。在该机制中，与损坏的DNA同源的染色质DNA会作为模板修复损坏的DNA。在该过程的初始阶段，受损DNA的一条链的受损区域会与模板双链DNA配对，并形成一个D环结构。之后，经过一系列复杂步骤，受损的DNA能得到恢复[12]。

在人体内，蛋白质RAD51对上述过程中同源串行的搜索和D环生成至关重要。而在大肠杆菌中，RecA运行相似的功能[13]。