被囊动物亚门

被囊动物与有头类（包括盲鳗、七鳃鳗和有下颌的脊椎动物）的相关，比较与诸如文昌鱼、棘皮动物、半索动物（hemichordates）、异涡虫（Xenoturbella）或其他无脊椎动物的相关更密切[3][4][5]。由于其结构相对简单，被囊动物曾被认为是脊索动物的早期分支，但近年以分子支序亲缘学分析基因组数据，较多研究支持头索动物才是脊索动物的早期分支，而被囊动物则是脊椎动物的姊妹群。

包括有被囊动物亚门和脊索动物的支序叫做嗅球类（Olfactores）支序[6][7]。

被囊动物亚门包括约莫三千个已描述的物种[8]，传统上分成下列三个纲：

• 海鞘纲（Ascidiacea ：Aplousobranchia、Phlebobranchia及Stolidobranchia）
• 樽海鞘纲（Thaliacea：Pyrosomida、Doliolida及Salpida）
• 尾海鞘纲（Appendicularia：Larvacea）

在2011年，一项有关滤食性海鞘及捕食性海鞘的分子支序亲缘学研究将这些海鞘物种的rDNA进行排序，确认这些物种间的关系，原深水海鞘纲（Sorberacea）的成员都被并入到海鞘纲[9]的Molgulidae科中[10][11]。尽管传统的分类仍然接受，较新的证据认为海鞘纲其实仍然是一个由并系群组成的人造群组[12][13]。

以下分支图基于 Delsuc 及其同事 2018 年的系统基因组学研究[14]