新高岡站

放置於站內自由通道中央的高岡大兜。

為2層高水泥建成的站舍，地下設有南口及北口兩個出口，皆設於向金澤的一側。兩出口之間為公眾通道，左側為附設高岡工藝品銷售的高岡市觀光資訊中心、便利商店及物產銷售商店，右側前端為設有閘機的收費區入口，靠近南口另設有一小型店舖，發售車站便當，右側中央及後方為票務櫃位、綠窗口服務中心及站務室，並且設有自動售票機。通過閘口後，可前往洗手間及等候室，或沿扶手電梯、樓梯或升降機前往2樓的月台區。

在自由通道中間擺放了1座以青銅鑄成的「高岡大兜」，是2009年由高岡獅子會及高岡傳統產業青年會所合製，以紀念高岡開400周年紀念，以加賀藩2代藩主、前田利長作戰時所配帶的頭盔（稱為「兜」）為本，後來轉贈至車站，希望能成為新的地標[2][3]。

新幹線月台（2015年3月）

設有側式月台2座，提供2線2面的配置，有效長度為12輛。設施十分簡樸，只在升降機旁設有候車室及吸煙室，售賣亭等其他設施一律欠奉。而月台邊沿部份亦全部裝配了半身密封式圍欄及深褐色的自動閘門，有鑑部份列車會高速通過本站，為安全起見，圍欄並未如富山站或金澤站般全部採用玻璃，大部份均改回以一般的金屬圍板替代。

另外，用於月台的發車訊號，JR西日本原本打算跟隨高岡站，採用相同的音樂（以高岡銅器所製造的磬所敲奏），但高岡市政府卻向JR西日本提出採用原創音樂，最終獲得接納。新發車訊號的旋律由出身小矢部市的作曲家暨日本音樂演奏家太田豐氏所創作及演奏[4]，並配以太鼓及絃樂伴奏，全段音樂皆採用真實樂器演奏，與其餘車站採用電腦音樂大不相同。

採用開放式簡易車站模式運作，本站在來線車站與新幹線車站並不相連，需要由新幹線南口離開站舍後右轉，橫過馬路後才到達。入口前的行人天橋只用作通往外圍的車站西廣場之用，並不能接駁至新幹線站舍[5]。

車站入口位於行人天橋下方，同時備有樓梯及無障礙斜道，進入後即為月台部份，入口只有水泥牆壁及相對簡陋的燈箱站牌一個，沒有閘口，也沒有提供售票機[6]，需要直接向列車上的乘務員購票，或在新幹線大堂上的自動售票機上預先購買。

城端線月台（2015年3月）

設有側式月台1座，位於新幹線站舍南端，全月台均設有上蓋，有效長度為4輛，其中向二塚站方向的2節長度，月台闊度相對較窄，月台上設有附設座椅的室內候車室。列車停靠時，往高岡方向為右側上落；往城端方向為左側上落。